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中國農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏管理中心目前保藏菌種8千余株，加上國內(nèi)其他單位保藏的農(nóng)業(yè)微生物菌種估計也不過2萬余株。而美國農(nóng)業(yè)部的農(nóng)業(yè)菌種保藏中心(NRRL)現(xiàn)有菌種8萬株。我們保藏的菌種數(shù)量與國際上較好的菌種中心無法相比，也與我國豐富的微生物資源蘊藏量不相適應(yīng)，更無法滿足我國農(nóng)業(yè)微生物研究及微生物產(chǎn)業(yè)對菌種資源的需求。
菌種庫庫藏菌種多樣性不夠
我國微生物資源豐富，僅已知的真菌就有10000種，占世界已知真菌種數(shù)的十分之一，占我國估計真菌種數(shù)的4％，這些真菌大部分均與植物相關(guān)。2005年版的《中國農(nóng)業(yè)菌種目錄》中，包括細菌、放線菌、酵母菌、絲狀真菌和大型真菌，共有252屬716種(亞種或變種)[1,2]。可見，已收集保藏的微生物菌種只是很少一部分，很多與農(nóng)業(yè)生產(chǎn)相關(guān)的重要種類尚未收集保藏。
對庫藏菌種性狀的評價不夠
由于過去菌種資源的管理工作不夠規(guī)范，缺乏統(tǒng)一的、較完善的信息記錄，也因為實驗條件及研究力量的不足，對庫藏菌種的研究不夠，缺乏重要性狀的評價，因而庫藏菌種資源的信息不夠豐富，不利于菌種資源的進一步開發(fā)和利用。
我國農(nóng)業(yè)微生物菌種資源的家底仍不夠清楚
近幾年在國家自然科技資源平臺項目的資助下，經(jīng)過對菌種資源的整理整合，已經(jīng)初步摸了家底，但因涉及工作量大，短期內(nèi)尚難以*理清，對我國農(nóng)業(yè)微生物菌種資源的家底仍不夠清楚。
菌種資源管理體系不完善
分散保藏于各有關(guān)單位的農(nóng)業(yè)微生物菌種資源共享機制尚不健全，缺乏相應(yīng)的政策或機制保障，這些分散保藏、無專人管理的菌種資源隨時可能會喪失。同時，缺乏相應(yīng)的法規(guī)，國際交往中也常造成菌種資源流失。
農(nóng)業(yè)微生物菌種資源保藏管理設(shè)施薄弱
作為的中國農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏管理中心庫藏容量較小、設(shè)施較為落后。專職的菌種保藏科技隊伍較為薄弱。
菌種資源的開發(fā)與利用中存在的問題與差距
菌種資源的應(yīng)用基礎(chǔ)研究不夠，缺乏對功能微生物菌種發(fā)揮作用的內(nèi)在機制、與其他物種及環(huán)境間的互作關(guān)系的深入認識，致使產(chǎn)品性能不強、效果不穩(wěn)。
缺乏新菌株、新基因和新物質(zhì)的大規(guī)模高通量篩選鑒定技術(shù)平臺，資源挖掘效率低，很多特殊生境和特殊功能微生物資源的研究尚剛起步。
從事農(nóng)業(yè)微生物產(chǎn)品生產(chǎn)的企業(yè)多數(shù)小而散，技術(shù)力量薄弱，菌種改良和新產(chǎn)品創(chuàng)制能力較差，生產(chǎn)條件和工藝落后，產(chǎn)品功能單一、質(zhì)量不穩(wěn)定，產(chǎn)品市場競爭力弱。
生產(chǎn)者和一些管理者對于食品安全生產(chǎn)和農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展還沒有足夠認識，只看眼前而不顧長遠，生產(chǎn)中更偏愛用化肥、農(nóng)藥等化學(xué)品。
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