1、在開展一個蛋白純化以前，應(yīng)當對其蛋白有一定的科學研究，包含其性質(zhì)，敏感性，比如該蛋白的溶解度，對高鹽或pH比較敏感，是不是非常容易空氣氧化等；

2、需要考慮蛋白的主要用途，來決定制取蛋白的數(shù)量級規(guī)模，這就需要充分考慮層析柱的規(guī)格，獲得的蛋白濃度值怎樣，是不是需要維持其活力及其防止多余的污染物；

3、蛋白的檢驗方式 ，針對帶有不一樣成分的蛋白水溶液，其檢驗方式 一般不一樣，融合其敏感度，正確度，精確性等綜合性考慮在不一樣純化流程中采用不一樣的檢驗方式 ；

4、蛋白緩沖液添加劑，出自于提升 蛋白可靠性，避免微生物生長發(fā)育，減少冰度或維持蛋白活力等，一般能夠 加上各種各樣表面活性劑，金屬材料抗氧化劑，胰蛋白酶緩聚劑，添加劑，氧化劑各種各樣緩存文件成份等；

5、蛋白的存儲標準，確保活力的前提條件下，其適宜的溫度，是不是能夠 冷凍，不斷凍融循環(huán)，存儲器皿等；

純化前需要對序列信息內(nèi)容開展科學研究，能夠 根據(jù)軟件分析間接性獲得一些蛋白的基本情況特性。在表述全過程中，采用細菌，細菌，或是動物細胞系統(tǒng)軟件更強，表述后是不是確保其恰當?shù)臐h語翻譯裝飾，復(fù)制時挑選哪種標識更易過表達和純化全是需要考慮的難題。表述后提取液采用如何的全過程開展體細胞粉碎，粉碎全過程中是不是會造成蛋白轉(zhuǎn)性，構(gòu)造發(fā)生改變，是不是會造成溶解，可靠性產(chǎn)生變化等。純化全過程中采用哪種純化方法，如蛋白質(zhì)變性，有機溶液沉積，或是離心式，電泳原理，層析柱等方式 的挑選，根據(jù)粗獲取，到植萃，期內(nèi)的純化次序直到最終的規(guī)模性大批量化得到。

生物信息學在蛋白質(zhì)純化設(shè)計方案中的運用

一般能夠 獲得下列信息內(nèi)容：

1、多肽鏈的分子質(zhì)量。

2、等電點PI，能夠 開展離子交換法層析或是等電點沉積方式 開展純化，酸堿性蛋白選用陽離子互換環(huán)氧樹脂，偏堿蛋白選用正離子互換環(huán)氧樹脂，

3、克分子消光系數(shù)，谷氨酸，色氨酸，二硫鍵等在280nm光波長上有消化吸收值，根據(jù)克分子消光系數(shù)能夠 測算蛋白濃度值。

4、胱胺酸成分，決定是不是在純化全過程中加上DTT等氧化劑。

5、二級結(jié)構(gòu)，能夠 分辨趨向于產(chǎn)生α螺旋式和β拐角等二級結(jié)構(gòu)。

6、可靠性，能夠 預(yù)ce分析蛋白在身體的藥物半衰期和多變性。

7、親水性區(qū)和跨膜區(qū)，能夠 用于尋找潛在性的跨膜地區(qū)，而且對作用不明的蛋白，能夠 預(yù)ce分析其是不是為膜蛋白。

8、序列相似度暗示著開放閱讀框和很有可能同樣的輔因子親和性。能夠 查找蛋白數(shù)據(jù)庫查詢以明確其是不是與別的某一已經(jīng)知道蛋白具備很高的相似度。

9、潛在性裝飾結(jié)構(gòu)域。能夠 分辨是不是有糖基化結(jié)構(gòu)域，生物素化結(jié)構(gòu)域，金屬材料融合結(jié)構(gòu)域。

10、大腸埃希菌中過表達蛋白的可溶。一個蛋白在大腸埃希菌過表達，能夠 根據(jù)序列預(yù)ce分析是可溶解的或是不能溶的包涵體。

可是根據(jù)蛋白序列依然沒法獲得大量精確的信息內(nèi)容，比如蛋白的三級構(gòu)造，樣子，表層特性，多亞基特點，同宗多聚體或異源多聚體，地基沉降特性等。因而根據(jù)蛋白序列能夠 分析判斷一些純化對策，但大量情況下蛋白純化或是經(jīng)驗性的試驗工作中為主導。