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(1)接通電源開關(guān)，PCR儀進(jìn)入準(zhǔn)備狀態(tài);在顯示屏上記錄了當(dāng)前PCR儀的溫度和蓋子(Lid)的溫度。若PCR儀正在運(yùn)行時(shí)，須按“B”鍵(start/stop)，才能退出運(yùn)行并返回準(zhǔn)備狀態(tài)。
(2)編寫程序段。在準(zhǔn)備狀態(tài)下按“C”鍵(programs)進(jìn)入編程狀態(tài)，選定一程序號，然后按“enter”鍵，進(jìn)入下一程序;按“A”(list)鍵后，選一文件號(emptyprogram);再按“enter”鍵，進(jìn)入下一程序;按“ABC”鍵，進(jìn)入下一程序，用上下左右鍵號選擇一個(gè)字母(A、B、C、D、…)，然后按“enter”鍵，進(jìn)入下一程序;按“nameok”鍵，完成文件命名。
(3)設(shè)定蓋子的溫度。“lidtemp：℃”，蓋子的溫度一般比變性溫度要高10℃，例如變性溫度是95℃，那么蓋子的溫度就要設(shè)定為105℃。待蓋子預(yù)熱后按“enter”鍵，進(jìn)入下一程序。
(4)設(shè)定變性溫度、變性時(shí)間、延伸溫度、延伸時(shí)間、退火溫度、退火時(shí)間及循環(huán)總數(shù)等參數(shù)。從**步依次按“enter”鍵進(jìn)入，用四個(gè)移位鍵移動設(shè)定位置。先設(shè)定溫度，后設(shè)定時(shí)間，全部參數(shù)設(shè)置完后，按“pgmok”鍵，所設(shè)定的程序自動被保存。
(5)運(yùn)行程序。檢查設(shè)定是否正確，按“start”鍵，選擇設(shè)定好的程序，開始運(yùn)行。顯示屏上可觀察到系統(tǒng)運(yùn)行的情況，按“Stop”可停止運(yùn)行。
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