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微生物快速鑒定質(zhì)譜技術(shù)作為強大的技術(shù)分析，在生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域已有較長的應(yīng)用歷史。由于這些技術(shù)靈敏度高、特異性強、且能夠同時檢測多種化合物的特點，在西方國家的臨床診斷應(yīng)用研究工作中得到了十分快速的發(fā)展，為疾病的診斷、預(yù)后和治療以及人體健康的評估等做出了*而重要的貢獻。
微生物快速鑒定質(zhì)譜儀的性能包括分辨率、敏感度或探測極限和準確性等，這些性能都與質(zhì)譜儀的類型、采用的離子化方法和掃描能力有關(guān)。不過沒有哪一個儀器能同時在上述所有方面都占優(yōu)，在選擇儀器的時候要根據(jù)實驗需要進行相應(yīng)的取舍。
質(zhì)譜儀通常使用的都是離子模式來鑒定蛋白質(zhì)的氨基酸序列。目前所有的MS/MS質(zhì)譜儀都具有該功能。不過其它特殊的質(zhì)譜儀也具有MS/MS功能。如果要發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)中的某個功能基團則需要用到母離子掃描功能或者中性丟失掃描功能。
而這就要用到三重四級桿質(zhì)譜儀，或四級桿離子阱質(zhì)譜儀，比如復(fù)雜混合物里的蛋白質(zhì)磷酸化位點和糖基化位點就都可以用這種方法（在碰撞池中產(chǎn)生特殊的報告離子，通過它來進行特殊的功能檢測）檢測出來。
在一個典型的質(zhì)譜檢測試驗中，首先先用母離子掃描或中性丟失掃描都能發(fā)現(xiàn)目標組分，然后再用傳統(tǒng)的MS/MS方法鑒定蛋白質(zhì)的氨基酸序列以及定位修飾位點。
已知的或未知的分析物都以高的敏感度和選擇性能被定量檢測出來。這種高選擇性得益于質(zhì)譜儀能夠?qū)Υ硪粋€肽段的一對母離子和片段裂解物離子進行實時監(jiān)測。
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