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DAPI 是一種可以與 DNA 進(jìn)行強(qiáng)力結(jié)合的常用的熒光染料。DAPI 結(jié)合至雙鏈 DNA小溝 的AT堿基對位置，一個(gè) DAPI分子 可占據(jù)約三個(gè)堿基對位置。結(jié)合到 雙鏈DNA 上的 DAPI分子 后的熒光強(qiáng)度大約可提高20倍，一般采用熒光顯微鏡進(jìn)行觀測即可，依據(jù)熒光強(qiáng)度可以確定出DNA的量。此外，因 DAPI 可透過完整的細(xì)胞膜，也可用于 活細(xì)胞 和固定細(xì)胞的染色。在熒光顯微鏡下進(jìn)行觀察，DAPI染料 是利用紫外光波長的光線進(jìn)行激發(fā)。單獨(dú) DAPI 的最大吸收波長是340nm，DAPI的最大發(fā)射波長是488nm；當(dāng) DAPI 與 雙鏈DNA 進(jìn)行結(jié)合，DAPI的最大吸收和發(fā)射波長分別為：364nm，454nm（10 mM Tris pH7.0，100 mM NaCl，10 mM EDTA），其發(fā)散光的波長范圍含蓋了藍(lán)色至青綠色。DAPI也可與RNA進(jìn)行結(jié)合，但產(chǎn)生的熒光強(qiáng)度只有約為DNA結(jié)合的熒光強(qiáng)度的1/5，其發(fā)散光的波長范圍約在500nm左右。
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