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線性離子阱質(zhì)譜儀的設(shè)計(jì)和操作與三重四極桿質(zhì)譜儀有很大的不同。離子阱收集和儲存離子，然后對其進(jìn)行質(zhì)譜分析，而三重四分桿是在肽離子通過分析儀時(shí)對其進(jìn)行質(zhì)譜分析。該分析儀的設(shè)計(jì)非常簡單。來自離子源的離子被引導(dǎo)到離子阱中，離子阱由頂部和底部電極和中間的環(huán)形電極組成。這個(gè)陷阱本身只有葡萄柚那么大。陷阱中收集的離子通過直流和射頻電壓的組合保持在陷阱內(nèi)的軌道上。
以少量氦作為“冷卻氣體”，以幫助控制離子的能量分布。在全掃描模式下，對電極上的射頻電壓進(jìn)行分級或掃描，根據(jù)其m/z值順序噴射離子。
線性離子阱質(zhì)譜儀的功能簡介：
1、可升級的電子轉(zhuǎn)移裂解模塊可以提供傳統(tǒng)裂解方法無法得到的蛋白質(zhì)翻譯后修飾信息；
2、脈沖碰撞能量誘導(dǎo)解離功能可以提供低質(zhì)量端碎片離子信息；
3、選擇MS/MS分析給譜圖在數(shù)據(jù)庫和譜庫檢索更好的匹配，提高了結(jié)構(gòu)確證的可靠性。另外快速極性切換，母離子相關(guān)MS3數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)掃描，可以對翻譯后修飾和代謝物組成的鑒定進(jìn)行智能、快速分析，還可以和回旋共振質(zhì)譜組合成的質(zhì)譜儀；
4、自動(dòng)數(shù)據(jù)依賴性多級質(zhì)譜采集技術(shù)不僅為用戶提供預(yù)測代謝物（母離子列表）結(jié)構(gòu)信息，也能提供未預(yù)測到的代謝物結(jié)構(gòu)信息。此外使用自動(dòng)固定中性丟失數(shù)據(jù)依賴性掃描觸發(fā)三級質(zhì)譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetworksTM和MassFrontier分析軟件增強(qiáng)復(fù)雜基質(zhì)中代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更簡便。
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