殼聚糖酶的應(yīng)用與其自身的性質(zhì)密切相關(guān)。殼聚糖酶的應(yīng)用也是多種多樣的，主要研究在以下幾個方面:
真菌原生質(zhì)體的制備：
殼聚糖酶專門降解殼聚糖。有些研究者利用殼聚糖酶生產(chǎn)真菌原生質(zhì)體，直接用于菌株的遺傳雜交實驗，特別是對那些以殼聚糖為原料的接合菌細(xì)胞壁更有效。
抑制植物致病菌：
大多數(shù)真菌細(xì)胞壁的主要成分是殼聚糖。研究發(fā)現(xiàn)，殼聚糖酶可以降解植物病原真菌的細(xì)胞壁，分析病原真菌的細(xì)胞壁組成，推測某些真菌對植物病害的致病機理。進一步有效防治病原菌，提高農(nóng)作物特別是一些經(jīng)濟作物的產(chǎn)量。
殼寡糖的制備：
殼聚糖酶的另一個主要應(yīng)用是降解殼聚糖，生產(chǎn)具有很大經(jīng)濟效益和聚合比的殼聚糖寡糖。殼聚糖寡糖不僅具有水溶性好、易吸收等優(yōu)點。具有抗菌、抑菌、調(diào)節(jié)機體免疫、抗癌等功效。在功能食品、保健藥品等行業(yè)有著廣泛的應(yīng)用。由于殼聚糖的穩(wěn)定性限制了殼聚糖酶的大規(guī)模應(yīng)用，因此對殼聚糖酶的應(yīng)用研究主要圍繞兩方面展開，一是提高殼聚糖酶本身的催化活性，二是提高殼聚糖酶的穩(wěn)定性。提高殼聚糖酶催化活性主要包括菌株的改良和殼聚糖重組酶的構(gòu)建。殼聚糖酶穩(wěn)定性的研究主要是利用固定化技術(shù)對殼聚糖酶進行固定化。