支原體污染是細(xì)胞培養(yǎng)過程中較常見污染之一，保守估計(jì)常規(guī)細(xì)胞培養(yǎng)中有15–35%存在支原體污染。支原體生長緩慢，不會馬上使細(xì)胞死亡，但會影響細(xì)胞內(nèi)的各種參數(shù)，例如部分支原體會快速消耗培養(yǎng)基中的精氨酸，與細(xì)胞競爭營養(yǎng)，從而使細(xì)胞的生長速度減慢或停止；同時(shí)支原體還可以改變細(xì)胞的酶譜、細(xì)胞膜成分，造成細(xì)胞染色體異常或細(xì)胞病理性改變等。

細(xì)胞培養(yǎng)過程中，在顯微鏡下能看到一些小黑點(diǎn)，這些小黑點(diǎn)可以呈點(diǎn)狀，也可以呈碎片狀，一般在原地振動。抗生素藥物對其均無效，一般即可判斷為黑膠蟲。

黑膠蟲可寄生于動物細(xì)胞，也可以生存于培養(yǎng)基中，依靠細(xì)胞和培養(yǎng)基中的營養(yǎng)為生，并隨細(xì)胞傳代而傳代。黑膠蟲污染常在細(xì)胞復(fù)蘇、培養(yǎng)條件改變、細(xì)胞接種密度低及細(xì)胞狀態(tài)不佳時(shí)出現(xiàn)，黑膠蟲與細(xì)胞競爭性生長，開始時(shí)對細(xì)胞沒有什么影響，但當(dāng)黑膠蟲的數(shù)量多到一定程度的時(shí)候，細(xì)胞生長就會受到影響甚至死亡，嚴(yán)重影響實(shí)驗(yàn)進(jìn)展。

在細(xì)胞污染源中，研究人員往往忽略了來自細(xì)胞房、培養(yǎng)箱、水浴鍋、水盤內(nèi)的細(xì)菌及真菌等污染。保持細(xì)胞房大環(huán)境綠色安全，對我們獲得理想的實(shí)驗(yàn)結(jié)果也十分重要。

EB（溴化乙錠），屬于核酸分子嵌入劑，通常用于分子遺傳學(xué)、DNA和染色質(zhì)結(jié)構(gòu)分析等研究中，特別是國內(nèi)實(shí)驗(yàn)室經(jīng)常使用EB進(jìn)行凝膠核酸電泳實(shí)驗(yàn)的染色。EB作為誘變性的化合物，在人體中誘導(dǎo)突變的機(jī)制是不可逆轉(zhuǎn)的。長期使用EB或者所處實(shí)驗(yàn)環(huán)境中有暴露的EB，都可能對操作人員造成潛移默化的危害，尤其是遺傳方面。EB的廢液處理不當(dāng)，也對周圍存在生物安全隱患，污染環(huán)境。

RNase的存在會降解與其接觸的任何RNA分子，導(dǎo)致有價(jià)值的樣品丟失或干擾實(shí)驗(yàn)。由生物體表達(dá)制成的生物制品，或者實(shí)驗(yàn)環(huán)境、平臺中易存在RNase殘留污染，RNase會迅速降解芯片研究、實(shí)時(shí)熒光定量PCR、Northern blot、cDNA克隆等實(shí)驗(yàn)中的重要樣品，導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的丟失，以及時(shí)間或金錢的浪費(fèi)。

核酸氣溶膠污染，即DNA/RNA氣溶膠污染，是實(shí)驗(yàn)室中極易出現(xiàn)的一種空氣污染?？諝馀c液體的液面摩擦，離心機(jī)離心，劇烈搖動反應(yīng)管，PCR開蓋，移液器反復(fù)吸樣，污染物外泄等情況均會產(chǎn)生核酸氣溶膠，但更多的是樣本間的交叉感染。這類污染的危害對于PCR實(shí)驗(yàn)結(jié)果尤其顯著：極微量的核酸氣溶膠污染, 即可形成假陽性。更嚴(yán)重的是，一旦形成氣溶膠污染，則可引起整個PCR實(shí)驗(yàn)室污染，甚至需要關(guān)閉實(shí)驗(yàn)室。