8．哪些技術需要進行重復實驗，以及具體采用生物學重復還是技術重復來完成？

      Label free需要進行三次重復，而iTRAQ、TMT一般建議做3次實驗重復，如果實驗方案后期設計了大量的驗證實驗如WB或ELISA等，最好做也能做兩次重復；如果不進行重復實驗后期的驗證實驗也少，在后期發(fā)表文章的時候結果可能會受到一些審稿人的質疑，從而影響文章的發(fā)表，特別是一些高分雜志較為突出，對于立志于發(fā)表高水平文章的研究人員建議最好進行重復實驗設計。如果是進行技術重復，各實驗結果之間的數(shù)據(jù)重復性會更好，而生物學重復由于多種原因可能導致重復性與偏差或者不好，一般情況下Label free最好使用技術重復，這樣有利于后續(xù)數(shù)據(jù)的分析，而其他是實驗可以采用生物學重復或者技術重復。代謝組根據(jù)樣品的不同選擇合適的數(shù)量進行生物學重復。

9．如何來判定哪些蛋白是和自己研究相關的蛋白，挑選什么樣的蛋白來進行后期的驗證實驗？

     需要研究人員根據(jù)自己研究的相關生物學背景，再結合生物信息學分析的結果，以及查看相關的文獻資料來確認哪些蛋白可以用于后續(xù)深入的研究。

10．樣品寄送過程，哪些需要低溫？哪些需要干冰？哪些常溫就可以？

      細胞、組織、蛋白溶液、菌體等樣品最好采用干冰運輸，對于SDS-PAGE條帶和2D點以及酶解好的肽段樣品直接常溫運輸即可。可以理解為需要提取蛋白或提取好的蛋白樣品（易降解）都需要低溫運輸，而處于凝膠中的蛋白或者是酶解好的肽段可常溫運輸。

11．哪些樣品需要去除高豐度蛋白？怎么去除？

（1）一般情況下，血清、血漿樣品中都會存在高豐度蛋白（白蛋白等免疫蛋白），如果客戶是此類樣品，需提前跟客戶溝通好，一定需要去除高豐度蛋白；目前有成熟的試劑盒可以去除血清中的高豐度蛋白。

（2）體液樣品，細胞培養(yǎng)液等樣品，出現(xiàn)高豐度蛋白的情況也比較高，這類樣品，如果出現(xiàn)高豐度蛋白，需要先通過質譜鑒定是否是常見免疫蛋白，然后再采用高豐度蛋白去除試劑盒進行去除。

（3）其他樣品存在高豐度的情況不常見，如在實驗過程中發(fā)現(xiàn)高豐度蛋白，解決方案如上。其他樣品可能會出現(xiàn)鑒定出來的高豐度蛋白沒有合適的試劑盒可以去除，這時候需要跟客戶提前告知風險。

12．蛋白質組結果一般需要做哪些方面的生物信息學分析？

       目前一般文獻中的分析主要為維恩圖分析、熱圖分析、火山圖分析、層次聚類分析、蛋白質功能分析（GO分類為主）、蛋白質所屬代謝通路富集分析（基于KEGG的pathway）、差異蛋白互作網(wǎng)絡構建、轉錄因子預測等方面。

       其它一些比較特異的高級分析包括多組數(shù)據(jù)關聯(lián)分析、多pathway延伸分析、磷酸蛋白激酶預測分析、互作網(wǎng)絡及生物調控模型構建分析。