非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)使得RNA領(lǐng)域再次成為了生命科學(xué)研究關(guān)注的焦點(diǎn)。因?yàn)镽NA是一種不穩(wěn)定的生物大分子，絕大多數(shù)的RNA都需要與特定的RNA結(jié)合蛋白質(zhì)結(jié)合形成RNA/蛋白復(fù)合物才能穩(wěn)定存在于細(xì)胞中；不僅如此，RNA與RNA結(jié)合蛋白之間的動(dòng)態(tài)關(guān)聯(lián)貫穿和伴隨了RNA的轉(zhuǎn)錄合成、加工和修飾、胞內(nèi)運(yùn)輸和定位、功能發(fā)揮及降解的整個(gè)生命循環(huán)。鑒于此，利用RNA結(jié)合蛋白分離或發(fā)現(xiàn)鑒定功能性RNA分子是RNA研究領(lǐng)域中一個(gè)不能缺少的研究方法。簡(jiǎn)單地說，就是利用RNA結(jié)合蛋白的抗體免疫沉淀RNA/蛋白復(fù)合物，再從沉淀的RNA/蛋白復(fù)合物中分離得到特定RNA結(jié)合蛋白的RNA;分離得到的RNA可以通過末端標(biāo)記和變性膠電泳對(duì)RNA分子的大小進(jìn)行鑒定，也可以利用高通量RNA測(cè)序方法對(duì)RNA序列進(jìn)行分析。
①全部所用的溶液試劑均經(jīng)過DEPC處理或由DEPC水配制。
②RNA抽提過種中乙醇漂洗步驟可以省略。
③RNA樣品溶解與保存:TE（pH8.0）緩沖液。80℃（如果下一步操作涉及酶反應(yīng)）100%de-ionicFormamide（如果下一步是電泳檢測(cè)）
④熟練的RNA操作非常重要。RNase的污染可通過使用RNAZap處理操作環(huán)境得到降低。