iCLIP交聯(lián)用哪個(gè)波段?多高能量輻照?
分子生物學(xué)的iCLIP實(shí)驗(yàn),不知道用哪個(gè)波段和多少能量輻照,根據(jù)使用過紫外交聯(lián)儀的老師反饋,iCLIP實(shí)驗(yàn)需要用254nm的紫外交聯(lián)儀對(duì)細(xì)胞進(jìn)行紫外輻照,UV-C輻照能量為150 mJ/cm2,照射一次。
紫外交聯(lián)儀在分子生物學(xué)的應(yīng)用:
在紫外線照射下,在分子水平上,核酸鏈中相鄰的嘧啶可以發(fā)生二聚化,這主要發(fā)生在胸腺嘧啶堿基4-6之間。近 100 年來,研究人員一直利用紫外線的這一特性作為研究基因突變的工具。
紫外交聯(lián)儀應(yīng)用包括:
1.光穩(wěn)定性驗(yàn)證
2.突變生物學(xué)(生存分析、紫外線誘導(dǎo)突變、應(yīng)激分析)
3.聚合物固化(例如甲基丙烯酸酯樹脂、水凝膠)
4.膜交聯(lián)(Northern/Southern 印跡,EMSA)
5.微生物滅活(如細(xì)菌、真菌、病毒)
6.雙分子交聯(lián)(PAR-CLIP-seq、pBpa、CLIP-seq、iCLIP-seq、sulfo-SDA、補(bǔ)骨脂素)
這些應(yīng)用依賴于可重復(fù)的、高強(qiáng)度的紫外線劑量。LUYOR的紫外交聯(lián)儀型號(hào)是UCL-3200/3500。UCL-3200/3500交聯(lián)儀有一個(gè)內(nèi)置高精度紫外福照度計(jì),紫外福照度計(jì)可追溯標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行校準(zhǔn),以確保無論時(shí)間和空間如何都能獲得一致的劑量。
紫外交聯(lián)儀UCL-3200/UCL-3500的操作
紫外交聯(lián)儀UCL-3200/UCL-3500能夠按照時(shí)間或能量 J/cm 2為單位進(jìn)行設(shè)置。因紫外線燈管使用壽命、環(huán)境溫度、供電電壓等因素會(huì)造成紫外線強(qiáng)度會(huì)發(fā)生變化,建議用戶輻照使用能量設(shè)置,盡量不用時(shí)間設(shè)置。
如果文獻(xiàn)里使用的是能量單位,用戶可以轉(zhuǎn)換為 J/cm 2,這是該儀器上用于輸入的測(cè)量單位。在下面表格里面提供了各種能量單位如何轉(zhuǎn)換。
如果文獻(xiàn)里面是強(qiáng)度單位,通常以 µW/cm 2為單位,則該值將伴隨曝光時(shí)間。用戶必須將輻照能量值轉(zhuǎn)換為 mW/cm 2,在下面表格里面提供了各種強(qiáng)度單位如何轉(zhuǎn)換。此外,用戶必須將曝光時(shí)間轉(zhuǎn)換為秒(例如 10 分鐘 = 600 秒)。
例如:
研究人員將某種流感病毒暴露于 2000 uW/cm2 10 分鐘。將報(bào)告的紫外線劑量轉(zhuǎn)換為 J/cm 2。
轉(zhuǎn)換方法 :
輻照強(qiáng)度 (mW/cm 2 )* 時(shí)間(秒) = 輻照劑量 (mJ/cm 2 )
2 mW/cm 2 * 600 秒 = 1200 (mJ/cm 2 )=1.2 (J/cm 2 )
交聯(lián)輻照如何放置輻照樣品?
建議用戶將樣品放置在紫外交聯(lián)儀輻照腔的照明中心位置。放置在中心的樣品能確保輻照到到設(shè)置的劑量。由于邊緣效應(yīng),放置在后面和前面位置的樣本接收的劑量將少于設(shè)置的劑量。
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