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菌種的保藏常采用干燥、低溫和隔絕空氣等措施，將其新陳代謝限制在較低范圍內(nèi)，使其生命活動(dòng)處于半長(zhǎng)期性的休眠狀態(tài)，使菌種能夠存活、不污染雜菌、不發(fā)生或較少發(fā)生變異，保存菌種原有的各種生物學(xué)性狀。
較常用的菌種保藏法有斜面或半固體傳代保藏法，以及冷凍真空干燥法和液氮超低溫保藏法等。其它尚有載體保藏法和懸液保藏法等。
斜面或半固體傳代保藏法:
此法保藏菌種常用的培養(yǎng)基有普通肉湯瓊脂斜面、血清斜面、血瓊脂斜面、雞蛋斜面和血清肉湯半固體培養(yǎng)基等等。在斜面或半固體培養(yǎng)基表面，往往加入滅菌液體石蠟，用以隔絕空氣。此外，厭氧菌的傳代保藏則常采用瘡肉基。
冷凍真空干燥法:
將加入一定保護(hù)劑（如無(wú)菌脫脂牛奶）的菌種懸液冷凍，然后在凍結(jié)狀態(tài)下經(jīng)過(guò)真空干燥，使菌種處于半長(zhǎng)期性的休眠狀態(tài)，從而達(dá)到長(zhǎng)久保藏的目的。一般可保藏?cái)?shù)年甚至數(shù)十年之久。該法需要特殊的低溫干燥設(shè)備 。
液氮超低溫保藏法:
將保藏的菌種分散在保護(hù)劑中（如甘油、二甲亞楓、蔗糖和吐溫80等），或?qū)⑵桨迳仙L(zhǎng)良好的培養(yǎng)物打塊，原封不動(dòng)地置于保護(hù)劑中，預(yù)凍后保藏在液氮超低溫（-196℃）中。該法是目前較理想的菌種保藏方法，可較長(zhǎng)期保藏菌種。
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