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翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)

來源：翌圣生物科技（上海）股份有限公司 2023年08月01日 17:05

翌圣&華大共發(fā)布中華家系一號全自動化轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)

自動化建庫

當(dāng)前，高通量測序已成為生命科學(xué)領(lǐng)域最有力的工具，極大促進(jìn)了腫瘤、遺傳病和病原等領(lǐng)域的發(fā)展。高通量測序中的建庫操作仍存在流程繁瑣、人力資源依賴程度高、自動化程度低等問題，限制了其在臨床轉(zhuǎn)化上的應(yīng)用。為促進(jìn)生產(chǎn)轉(zhuǎn)型和臨床應(yīng)用，高效穩(wěn)定的自動化建庫方案是必由之路。

轉(zhuǎn)錄組測序

轉(zhuǎn)錄組測序（transcriptome sequencing）已經(jīng)成為轉(zhuǎn)錄組研究的主要方法，可以全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，進(jìn)而計算不同基因或轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量、發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本、識別差異表達(dá)基因、分析可變剪切位點、檢測融合基因等。

圖1. 轉(zhuǎn)錄組測序流程（網(wǎng)圖，侵刪）

RNA標(biāo)準(zhǔn)品-衡量RNA建庫質(zhì)量

中華家系1號全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)（GBW09904，GBW09905，GBW09906，GBW09907）是我國獲批的組學(xué)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)，在生命科學(xué)領(lǐng)域開創(chuàng)了一種全新的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)研制模式。中華家系1號標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)建立了生命測量的基準(zhǔn)，在此基礎(chǔ)上建立從組學(xué)數(shù)據(jù)產(chǎn)生到分析全過程的標(biāo)準(zhǔn)規(guī)范與質(zhì)量控制體系，才能確保組學(xué)數(shù)據(jù)的質(zhì)量和研究結(jié)果的可靠性。

圖2.中華家系1號全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)

全國科研與臨床實驗室轉(zhuǎn)錄組測序室間質(zhì)評

室間質(zhì)量評價預(yù)研活動旨在綜合評估參評實驗室轉(zhuǎn)錄組測序檢測和分析結(jié)果的準(zhǔn)確性和一致性，促進(jìn)轉(zhuǎn)錄組學(xué)在科學(xué)研究中的可重復(fù)性和臨床診療中的有效性。質(zhì)評樣本制備的原料來源包括人基因表達(dá)通用參考RNA、人腦組織來源參考 RNA、ERCC RNA內(nèi)參混合物和中華家系1號人源B淋巴細(xì)胞系全轉(zhuǎn)錄組RNA標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)。

翌圣生物聯(lián)合華大智造，參考了國家衛(wèi)健委臨檢中心組織的全國轉(zhuǎn)錄組室間質(zhì)評方案，發(fā)布了中華家系1號標(biāo)準(zhǔn)品轉(zhuǎn)錄組自動化測試數(shù)據(jù)。

測試方案

※測試樣本：中華家系1號RNA標(biāo)準(zhǔn)品（Quartet RNA）D5、 D6 、F7、 M8，且三次平行重復(fù)；

※建庫試劑盒：Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit（Cat#12309ES）；

※自動化平臺：MGISP-960自動化平臺；

※測序平臺：DNBSEQ-G99。

12309ES兼容 Illumina 和 MGI 雙平臺以及雙模式 mRNA 建庫試劑盒

圖3.mRNA 建庫試劑盒流程原理圖

結(jié)果展示

MGISP-960自動化建庫與手動建庫文庫濃度

4個中華家系一號RNA標(biāo)準(zhǔn)品D5、D6、F7、M8樣本，每個樣本3次重復(fù)，同時采用MGISP-960自動化平臺建庫和手動建庫，自動化建庫與手動建庫均具備高度均一的文庫產(chǎn)量。

圖4.自動化建庫與手動建庫文庫濃度對比

MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)與中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集對比

數(shù)據(jù)質(zhì)量綜合評分

12309ES測序數(shù)據(jù)對比到中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集，以分值來代表SNR和RC的綜合水平。

Great！12309ES的數(shù)據(jù)質(zhì)量評分高達(dá)9.733

數(shù)據(jù)評價結(jié)果

基因counts、表達(dá)譜數(shù)據(jù)質(zhì)量評價結(jié)果：每組樣本包含 3 個技術(shù)重復(fù)，SNR為31.1，基因表達(dá)量結(jié)果在技術(shù)重復(fù)之間具有非常好的可重復(fù)性。

圖5.樣本表達(dá)譜數(shù)據(jù) PCA 分析結(jié)果

基于標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)參考數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)差異倍數(shù)的準(zhǔn)確性評價結(jié)果：12309ES的測序結(jié)果與中華家系 1 號全轉(zhuǎn)錄組 RNA 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)集差異分析，Pearson相關(guān)系數(shù)＞0.94，基因定量水平具有高準(zhǔn)確性。

圖6.基因表達(dá)差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結(jié)果

MGISP-960自動化建庫RNA-seq數(shù)據(jù)的post alignment分析

D5、D6、F7、M84個RNA標(biāo)準(zhǔn)品采用12309ES于MGISP-960進(jìn)行自動化轉(zhuǎn)錄組建庫，測序結(jié)果post alignment分析，GC含量均分布在49%-50%之間、exonic%＞79%、intronic%＜18.5%、intergnic%＜2.5%，文庫插入片段組分在270bp-300 bp之間，rRNA的占比＜1.3%，兼具的QC指標(biāo)。

表1：post alignment分析的基本QC指標(biāo)

圖7.rRNA殘留的占比

產(chǎn)品推薦

產(chǎn)品名稱	產(chǎn)品貨號	產(chǎn)品應(yīng)用
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit	12309ES	mRNA建庫
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)	12310ES	total RNA建庫
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2	12195ES	酶切法建庫
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit	13577ES	機械法建庫
Hieff NGS® DNA selection Beads（Superior Ampure XP alternative）	12601ES	DNA純化磁珠
1×dsDNA HSAssay Kit	12642ES	雙鏈DNA（dsDNA）定量

適配儀器MGISP-960簡介

翌圣生物攜手華大智造聯(lián)合推出翌圣-MGI聯(lián)合品牌MGISP-960高通量自動化樣本制備系統(tǒng)。

華大智造MGISP-960高通量自動化建庫平臺可同時對96例樣本進(jìn)行自動化建庫，適用于高通量、交付型實驗室，在大幅度解放實驗室人力的同時，減少人工操作對實驗造成的影響，提高文庫制備穩(wěn)定性。

相關(guān)產(chǎn)品

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