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CUT&Tag優(yōu)于ChIP-Seq的關(guān)鍵竟是它?

來(lái)源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2023年08月31日 17:21  

CUT&Tag優(yōu)于ChIP-Seq的關(guān)鍵竟是它?

前面幾期,小翌介紹過(guò)“翌圣轉(zhuǎn)座酶系列產(chǎn)品助力NGS文庫(kù)構(gòu)建”(戳鏈接了解詳情)。本期,小翌重點(diǎn)聊聊pG-Tn5。

 

 
什么是pG-Tn5
 
pG-Tn5(pG-Tn5 Transposase)是將Protein G(pG)與經(jīng)過(guò)改造的Tn5轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行融合,形成的同時(shí)具備轉(zhuǎn)座酶與Protein G活性的新型融合酶。Protein G能特異性與抗體結(jié)合,從而使得pG-Tn5具備更高的靶向性。Tn5 是一種細(xì)菌轉(zhuǎn)座子, 經(jīng)改造的Tn5能夠高效地切割DNA, 同時(shí)連接上特定的接頭序列, 因而被廣泛應(yīng)用于高通量二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建中(戳鏈接了解詳情)。pG-Tn5融合Protein G和Tn5活性,能精準(zhǔn)靶向切割目的蛋白附近的DNA序列,專門(mén)適用于蛋白質(zhì)-基因組互作研究的CUT&Tag技術(shù)領(lǐng)域。

 

 
CUT&Tag技術(shù)原理
 

CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)是一種新的DNA-蛋白質(zhì)互作研究方法,該技術(shù)涉及的核心酶原料是pG-Tn5或pA-Tn5(pA-Tn5 Transposase)。Protein A(pA)與pG的作用類似,特異性結(jié)合抗體,從而使得pA-Tn5具備更高的靶向性。Protein A 和 Protein G與不同種類和免疫原性的抗體的親和力具有較大區(qū)別[1],因此pA和pG可以靶向結(jié)合不同抗體。


與傳統(tǒng)的ChIP-Seq相比,CUT&Tag不需要使用甲醛交聯(lián)以及免疫共沉淀,而是通過(guò)針對(duì)靶蛋白(如轉(zhuǎn)錄因子、染色質(zhì)重塑蛋白)的抗體和Protein G/A的介導(dǎo),使得與Protein G/A融合的Tn5酶在切割DNA片段的同時(shí)在序列兩端加上測(cè)序接頭,經(jīng)PCR擴(kuò)增后即可形成用于高通量測(cè)序的文庫(kù)(圖1)。CUT &Tag技術(shù)具有細(xì)胞投入量低、信噪比高、實(shí)驗(yàn)周期短(1天實(shí)現(xiàn)文庫(kù)構(gòu)建)、可重復(fù)性好等顯著優(yōu)勢(shì),可應(yīng)用于蛋白質(zhì)與DNA互作研究、檢測(cè)組蛋白修飾在基因組上分布位點(diǎn)、鑒定轉(zhuǎn)錄因子在全基因組上的結(jié)合位點(diǎn)、超級(jí)增強(qiáng)子鑒定等。

 

圖1. CUT &Tag技術(shù)原理圖[2]

 

 
翌圣pG-Tn5
 

由于CUT&Tag主要是針對(duì)極低細(xì)胞起始量進(jìn)行實(shí)驗(yàn),這就要求核心酶原料具有高切割活性、對(duì)微量DNA有高靈敏度和高親和力以及超低污染性。翌圣ZymeEditor™酶改造平臺(tái)將改造的具有高活性的Tn5轉(zhuǎn)座酶突變體與Protein G融合,從而獲得能精準(zhǔn)、高效切割目的蛋白附近DNA序列的pG-Tn5(Cat#14530ES)。翌圣pG-Tn5具有核酸酶殘留低、片段化能力強(qiáng)(切割活性)、建庫(kù)產(chǎn)量高等優(yōu)勢(shì),可用于CUT&Tag實(shí)驗(yàn)。

 

 
部分?jǐn)?shù)據(jù)展示
 
01

無(wú)核酸外切酶殘留

 
 

將1 U/5 U的pG-Tn5 Transposase分別與底物DNA在37°C下孵育4 h,瓊脂糖凝膠電泳比較DNA譜帶變化,結(jié)果顯示翌圣pG-Tn5 Transposase在5 U投入量下未檢出核酸外切酶殘留。

圖2. pG-Tn5 Transposase核酸外切酶殘留檢測(cè)

 

02

相同酶投入量下,片段化能力優(yōu)于其它品牌

 
 

分別使用翌圣及品牌A相同酶量的pG-Tn5 Transposase對(duì)200 ng gDNA進(jìn)行片段化,Agilent 2100檢測(cè)片段大小分布,結(jié)果顯示:相同酶量下,翌圣pG-Tn5 Transposase片段化效果更好,酶活性更高。

圖3. pG-Tn5 Transposase片段化能力檢測(cè)

 

03
應(yīng)用于CUT&Tag建庫(kù)產(chǎn)量更高
 
 

分別使用翌圣及品牌A相同酶量的pG-Tn5 Transposase對(duì)1000個(gè)細(xì)胞投入量樣本建庫(kù),并對(duì)文庫(kù)測(cè)序后的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,結(jié)果顯示翌圣pG-Tn5 Transposase文庫(kù)產(chǎn)量高于品牌A(圖4A),Mapping率相當(dāng)(圖4B); 染色質(zhì)上的信號(hào)分布情況與品牌A一致(圖5)。

圖4. pG-Tn5 Transposase應(yīng)用于CUT&Tag的文庫(kù)產(chǎn)量及Mapping率

圖5. pG-Tn5 Transposase應(yīng)用于CUT&Tag在染色質(zhì)上的信號(hào)分布

 

 
相關(guān)產(chǎn)品推薦
 

應(yīng)用

定位

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品貨號(hào)

轉(zhuǎn)座酶建庫(kù)ATAC建庫(kù)

 

Tn5單酶

Tn5 Transposase

14524ES

建庫(kù)試劑盒

Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep Kit for Illumina®(for 50 ng)

12207ES

CUT&Tag建庫(kù)

 

 

pA-Tn5單酶

pA-Tn5 Transposase

14528ES

pG-Tn5單酶

pG-Tn5 Transposase

14530ES

建庫(kù)試劑盒

Hieff NGS® G-Type In-Situ DNA Binding Profiling Library Prep Kit for Illumina

12598ES

 

參考文獻(xiàn)

[1] Dancette OP, Taboureau JL, Tournier E, et al. Purification of immunoglobulins G by protein A/G affinity membrane chromatography. J Chromatogr B Biomed Sci Appl. 1999 Feb 19;723(1-2):61-8. doi: 10.1016/s0378-4347(98)00470-8. 

[2]  Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.

 

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