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干貨│酶切實(shí)驗(yàn)的這些坑,你肯定遇到過(guò)!

來(lái)源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2023年09月12日 17:22  

分子克隆作為分子生物學(xué)的一項(xiàng)成熟技術(shù),幾乎每個(gè)實(shí)驗(yàn)室都或多或少的會(huì)涉及。在分子克隆實(shí)驗(yàn)中,限制性內(nèi)切酶是克隆產(chǎn)品,但大家也常常因?yàn)橄拗菩詢?nèi)切酶的各種問(wèn)題而感到煩擾。

 

比如小翌常被問(wèn)到的:


 

1.限制性內(nèi)切酶種類這么多,不知道如何選擇;

 
2.酶切不完或出現(xiàn)亂切、錯(cuò)切的情況;
 

3.酶切速度慢,需要1 h甚至過(guò)夜酶;

 
4.多酶切還需要選擇多款酶切緩沖液。
 

……

 

針對(duì)第1個(gè)問(wèn)題,小翌會(huì)簡(jiǎn)單介紹一下什么是限制性內(nèi)切酶,不同內(nèi)切酶的分類如何,讓您對(duì)限制性內(nèi)切酶有一個(gè)更全面的認(rèn)識(shí)。針對(duì)第2~4個(gè)問(wèn)題,翌圣 FuniCut® 系列快速內(nèi)切酶通過(guò)菌株改造,配合優(yōu)化的工藝,可以輕松解決以上難題!

 

 

 
什么是限制性內(nèi)切酶
 

限制性內(nèi)切酶是一種能夠識(shí)別雙鏈DNA分子中特定核苷酸序列,并在特定位置切割 DNA鏈中的磷酸二酯鍵的一類酶,簡(jiǎn)稱限制酶。不同的限制性內(nèi)切酶會(huì)識(shí)別不同的DNA 序列,它可以在識(shí)別序列內(nèi)或距識(shí)別序列不遠(yuǎn)的位置處切割DNA,酶切之后會(huì)形成不同類型的產(chǎn)物,如圖1中的BamHI形成5’粘性末端產(chǎn)物,KpnI形成3’粘性末端產(chǎn)物,EcoRV形成平末端產(chǎn)物。

 

圖1. BamHI、KpnI、EcoRV 酶切示意圖

 

限制性內(nèi)切酶除了于分子克隆實(shí)驗(yàn)中外,它還可以應(yīng)用于疫苗研發(fā)生產(chǎn)、基因測(cè)序、SNP鑒定、ddPCR等領(lǐng)域。

 

 

 
限制性內(nèi)切酶的命名
 

限制性內(nèi)切酶的命名主要是根據(jù)細(xì)菌的屬名、種名、菌株或血清型、發(fā)現(xiàn)的順序而定,以BstEII為例,命名規(guī)則如下表一所示:

 

表1. 限制性內(nèi)切酶的命名規(guī)則

 

 

 
限制性內(nèi)切酶的分類
 

根據(jù)結(jié)構(gòu)的復(fù)雜程度、作用方式與輔因子的區(qū)別,限制性內(nèi)切酶可分為四大類,表2總結(jié)了各類的特點(diǎn)和典型酶種。

 

表2. 不同限制性內(nèi)切酶的區(qū)別

 

除了以上分類,根據(jù)識(shí)別和切割位點(diǎn)的異同可以分為3類,如下表3所示:

 

表3. 同裂酶、異裂酶和同尾酶對(duì)比

 

針對(duì)目前市面上一些限制性內(nèi)切酶產(chǎn)品需要過(guò)夜酶切,花費(fèi)時(shí)間和精力,并且還容易出現(xiàn)酶切產(chǎn)物不正確的情況。翌圣FuniCut®快速限制性內(nèi)切酶為您排憂解難,通用緩沖液,5 min完成精準(zhǔn)酶切,讓您的酶切實(shí)驗(yàn)不再有煩惱!

 

 

 
翌圣FuniCut® 快速內(nèi)切酶
 
 
產(chǎn)品特點(diǎn)
 
  • 快速酶切:5~15 min完成酶切,較常規(guī)酶切實(shí)驗(yàn)可減少1~2 h以上;

  • 通用緩沖液:任意內(nèi)切酶組合都能用同一緩沖液,多酶切反應(yīng)更簡(jiǎn)便,且兼容進(jìn)口品牌緩沖液(詳情戳鏈接);
  • 酶切效果:酶切效果同進(jìn)口品牌N*、T*一致;
  • 直接電泳:提供紅色Color緩沖液,酶切產(chǎn)物可直接點(diǎn)膠電泳,操作更簡(jiǎn)便;

  • 精準(zhǔn)酶切:即使過(guò)夜酶切,星號(hào)活性也極低。

 

 

 
數(shù)據(jù)展示
 
01
在FuniCut® Buffer中,5 min高效完成單、雙和三酶切
 
 

圖2. 5 min高效完成單、雙和三酶切效果圖

 

02
酶切效果媲美N*、T*進(jìn)口品牌,并且與其buffer兼容性好
 
 

圖3. 與不同品牌buffer兼容的酶切效果圖

 

03
過(guò)夜酶切,星號(hào)活性極低
 
 

分別使用翌圣、T*、N*品牌的HindIII、NheI、PstI、XbaI、XhoI快速內(nèi)切酶,以λDNA為底物,按照各品牌推薦的實(shí)驗(yàn)體系,進(jìn)行過(guò)夜酶切(16 h),酶切產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳。瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果表明翌圣限制性系列產(chǎn)品過(guò)夜酶切,表現(xiàn)出超低的星號(hào)活性。

圖4. 與不同品牌的限制性內(nèi)切酶產(chǎn)品過(guò)夜酶切效果

 

04

高度冗余,輕松應(yīng)對(duì)一定程度的過(guò)量底物

 
 

以 FuniCut® EcoRI、XbaI、SacI快速限制性內(nèi)切酶,分別以1 μg、1.5 μg質(zhì)粒為底物,酶切5 min,酶切產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳。瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)結(jié)果表明翌圣限制性系列產(chǎn)品能輕松處理一定程度的過(guò)量底物。

圖5. 分別酶切1、1.5 μg底物的酶切效果圖

 

 

 
客戶反饋
 

客戶分別使用N*品牌和翌圣的BamHI+XbaI對(duì)質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切實(shí)驗(yàn)檢驗(yàn),結(jié)果表明翌圣限制性內(nèi)切酶產(chǎn)品效果媲美N*。(來(lái)源于上海客戶)

圖6. N*品牌和翌圣的雙酶切效果圖



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