20世紀(jì)20年代的酒精、甘油和丙酮等發(fā)酵工業(yè)，屬于厭氧發(fā)酵。 　　20世紀(jì)40年代初，隨著青霉素的發(fā)現(xiàn)，抗生素發(fā)酵工業(yè)逐漸興起。由于青霉素產(chǎn)生菌是需氧型的，微生物學(xué)家就在厭氧發(fā)酵技術(shù)的基礎(chǔ)上，成功地引進了通氣攪拌和一整套無菌技術(shù)，建立了深層通氣發(fā)酵技術(shù)。這使有機酸、維生素、激素等都可以用發(fā)酵法大規(guī)模生產(chǎn)。 　　1957年，日本用微生物生產(chǎn)谷氨酸成功，如今20種氨基酸都可以用發(fā)酵法生產(chǎn)。氨基酸發(fā)酵工業(yè)的發(fā)展，是建立在代謝控制發(fā)酵技術(shù)的基礎(chǔ)上的。目前，代謝控制發(fā)酵技術(shù)已經(jīng)用于核苷酸、有機酸和部分抗生素的生產(chǎn)中。 　　20世紀(jì)70年代以后，基因工程、細胞工程等生物工程技術(shù)的開發(fā)，使發(fā)酵工程進入了定向育種的階段。 　　20世紀(jì)80年代以來，隨著學(xué)科之間的滲透和交叉，數(shù)學(xué)、動力學(xué)、化學(xué)工程原理和計算機技術(shù)開始被用于發(fā)酵過程的研究。目前，自動記錄和自動控制發(fā)酵過程的全部參數(shù)已經(jīng)被應(yīng)用于生產(chǎn)。