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漲知識 | 克隆專題七:分子克隆應用工具

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2023年11月27日 09:41  

漲知識 | 克隆專題七:分子克隆應用工具

克隆技術,又稱為“生物放大技術”,目前應用 泛的技術為“分子克隆”,即通過重組技術將目的DNA片段按照人們的設計定向連接起來,在特定的受體細胞中與載體同時復制并得到表達,產(chǎn)生新的遺傳性狀的技術。


大部分的分子克隆方法,諸如傳統(tǒng)分子克隆、TA克隆、Gatway克隆、TOPO克隆、無縫克隆等都繞不開目的片段制備、載體制備、連接、轉化、篩選等等步驟。其中,設計引物、載體和片段,都需要使用相應的分子克隆工具進行操作和模擬,接下來小翌會以同源重組為例,具體解析一下分子克隆技術中應用到的那些工具,為您的實驗提供好方法。


 

01

基因組序列查詢工具

進行分子克隆實驗之前,需要根據(jù)下游實驗目的,確認實驗中應用到的片段物種并查找序列。假設需要在自己的載體上加入人基因組DNA,可以使用NCBI(干貨在線查詢,選擇“Nucleotide”,輸入“human”,點擊查詢后,獲得5000多萬條基因序列,如圖1所示。

圖1. NCBI基因序列查詢

 

點擊序列如智人KIR3DL2蛋白的mRNA序列(KIR3DL2基因),進入界面后會給出該基因的來源物種、詳細名稱、功能描述、文獻出處、核酸序列及氨基酸序列信息等信息。點擊右上角的“Send to”可以獲得該基因的完整序列(純文本格式)。

 

圖2. NCBI基因序列下載

 

02

目的片段和載體引物設計工具

獲得目的片段后,根據(jù)同源重組原理,需要在插入片段的上下游引入15-25 bp的同源臂,GC含量40-60%,以保證片段與載體充分接觸并進行重組。可以通過翌圣“支持中心”的“同源重組引物設計”點擊進入,或者直接點擊無縫克隆引物設計軟件  進行設計引物。輸入需要的載體序列和目的片段序列,選擇合適的酶切位點(不建議選擇載體和片段中都含有的酶切位點),生成引物,如圖3、4所示。

 

圖3. 翌圣設計軟件

 

圖4. 翌圣引物設計流程

 

值得注意的是,多個目的片段插入的雙酶切位點,實際添加到第一個片段的5’端和最后一個片段的3’端,中間片段不含有設計的酶切位點。通過引物合成公司合成需要的引物序列。接著使用翌圣高保真PCR試劑盒(Cat#10164ESPCR擴增目的片段與載體。

 

03

載體設計模擬軟件

當設計完目的片段后,需要對載體和片段進行模擬連接,保證實驗的準確性??梢允褂肧napgene軟件模擬。以pUC19為載體,KIR3DL2基因為插入片段,進行克隆連接模擬。選擇“Actions”—“Gibson Assembly”—“Insert Fragment”,輸入相應的插入片段和載體序列,如下圖5所示,即可生成連接后的載體。點擊新生成載體的“History”可以模擬載體與片段連接的具體步驟,如圖6所示。

 

圖5. Snapgene同源重組模擬流程

 

圖6. Snapgene同源重組模擬圖

 

模擬步驟后,即可使用翌圣新品通用型多片段快速克隆試劑盒(Cat#10923ES)連接目的片段,該試劑盒滿足6 μL小體系、10 ng低濃度載體與片段的連接,菌落數(shù)多,克隆陽性率高,客戶反饋效果好,如圖7所示。

 

 
小體系低濃度載體高效率重組
 
 

實驗信息:載體大小:5369 bp;目的片段大小:1589 bp。

實驗數(shù)據(jù):

 

圖7. 10923ES在10 μL小反應體系下,低濃度載體(30 ng)連接單片段,陽性率100%。A:重組轉化平板。B:插入片段PCR鑒定電泳圖,泳道1-5分別為菌落1,菌落2,陰性對照,陽性對照(基因組作為模版),陽性對照(PCR純化片段作為模版)。(上海交通大學)

 
 
 
 
 
 

除了上述基礎的分子克隆技術應用工具外,還有如紐約大學研究人員開發(fā)的gRNA在線設計軟件    ,用于設計CRISPR-Cas13的gRNA引物等。分子克隆應用工具多種多樣,應用好工具,能為我們的實驗添磚加瓦。小翌在這里祝您實驗順利,一氣呵成!關注我們,小翌會在下一期繼續(xù)帶來分子克隆方面的知識,為您的實驗帶來新的思路與方向,期待下一次的見面~

 

04

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15001ES-15051ES

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