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標記蛋白具有許多優(yōu)點。原則上，該方法為檢測各種細胞成分中感興趣的蛋白提供廠新的手段。
①如果開放閱讀框已經被克隆化，但是由于蛋白是新發(fā)現(xiàn)的，或者由于蛋白免疫原性較弱， 目前尚沒有針對該蛋白產物的抗體時，此標記技術具有重要的應用價值。隨著基因組的研究，由基因工程進入蛋白工程，標記技術顯得越來越重要。
②由于標記物不是天然蛋白氨基酸序列的固有部分，與標記物結合的試劑在進行蛋白提純過程中，對蛋白功能產生影響的可能性較小。
③只要具備適當?shù)妮d體，標記蛋白可在任何細胞中進行表達；例如，相同的標記蛋白既可在細菌中表達，又可在昆蟲細胞系統(tǒng)中表達。
④標記物的定位特性以及與其他分子的相互作用，可通過穩(wěn)定轉染細胞中的表達進行監(jiān)測。標記物用于細胞染色和免疫印跡中檢測蛋白，對區(qū)分內源性的未標記蛋白和外源性蛋白效果較好。
⑤標記物可用于免疫沉淀試驗，由于抗標記物抗體的高度特異性，可以檢測結合在標記蛋白上的其他感興趣的目的蛋白。
⑥標記技術可用于純化表達的蛋白，其特點是由于洗脫方法非常溫和，可以純化活性蛋白或蛋白復合物。
⑦因為每個標記物是*的，有可能在同一細胞表達系統(tǒng)中同時表達多種標記物以研究蛋白質之間的相互作用或進行共定位(colocalization)。也可以使用多種標記物對同一蛋白或蛋白復合物進行純化，如按順序地使用2種標記物純化蛋白質時，可取得較好的效果。
隨著標記物技術的廣泛應用，已出現(xiàn)了范圍越來越廣泛的商品化產品，極大地推動了該技術的發(fā)展。表位作圖和新的標志蛋白以及蛋白和配體相互作用研究的成功，導致了大量新的標記系統(tǒng)不斷出現(xiàn)，然而目前還沒有適用于各種研究所需的標記物。在某些研究工作中，有必要使用多種不同的標記物，以證明標記物是否對蛋白活性產生影響。
DNA重組標記技術的兩種主要用途是蛋白檢測和蛋白純化，但兩種應用目的對標記物的特性要求不同。雖然大多標記物可用于蛋白的檢測和蛋白純化，但是某些標記物只適用于其中之一。
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