水體中微生物檢測的目的是對各種不同水體中微生物的數(shù)量、種類或對其中的微生物變化規(guī)律進行研究，以及從中分離某種微生物。對這些內容研究的結果與水樣采集的時間、地點及取樣方式有直接的關系。分析實驗室從樣品的采集到報告的編發(fā)是一個系統(tǒng)的質量控制過程。在這一過程中，除用準確的分析技術和精密的儀器設備科學的采集樣品,正確的保存樣品,規(guī)范的流轉樣品也十分重要。采集的樣品要有代表性，易受環(huán)境變化而變化的分析項目要在現(xiàn)場測試,需在實驗內測試的樣品，在測試之前加以妥善保存、固定，確保樣品在分析前不會發(fā)生明顯的變化。規(guī)范的流轉程序保證樣品不發(fā)生混淆、錯漏。

　　(1)采樣地點的選擇不同水體的物理學及生物學的環(huán)境條件顯著不同，其中生存的微生物種類、數(shù)量和活性等都有很大差異。因此，為了獲得有代表性的水樣，取樣地點的選擇非常重要。通常，流動的河道應選擇水深20～30cm的水層取樣，若調查垂直分布，則應選擇在河流深處為采集點；湖水采樣應在湖泊中心與沿岸具有代表性的區(qū)域；在判斷污水對河流和湖泊的影響時，一般應在污水口處按一定距離及有代表性的出口地點分別取樣，同時還應在沒有污染的上游水域取樣作對照。海洋及港灣取樣地點的選擇也要根據(jù)具體環(huán)境設點，一般近岸較密，遠岸較疏，同時還要考慮不同的調查目的，如基礎調查、檢測調查、專題調查和應急調查等。

　　(2)水樣的采集采樣前，需根據(jù)調查計劃規(guī)定的調查站數(shù)及采樣數(shù)量做好采樣瓶、采水球、移液管、水樣引出管、水樣貯存瓶、過濾器、培養(yǎng)皿等器具的滅菌和消毒工作，并以所有的滅菌器具只能使用一一次為原則配齊所需的數(shù)量。

　　采集供微生物檢驗的水樣必須按無菌操作技術進行，并保證在送檢過程中不受外界污染，只有這樣才能反映當?shù)禺敃r水體微生物的真實情況