超全RNase抑制劑——預(yù)防RNase污染的關(guān)鍵原料!
RNase(Ribonuclease,核糖核酸酶)是一類能夠催化RNA降解為小分子RNA的核酸內(nèi)切酶,主要切斷核苷酸之間的磷酸二酯鍵,是生物的一種防御機(jī)制,相比于外源性的DNA,外源性的RNA侵入細(xì)胞后會(huì)參與轉(zhuǎn)錄和翻譯,往往更加危險(xiǎn)。所以幾乎所有的生物都進(jìn)化出了RNase,用來防御外源性RNA的入侵。因此,RNase廣泛存在于真核、原核生物的所有細(xì)胞和組織中,除此之外,環(huán)境和許多生物材料都帶有RNase,像實(shí)驗(yàn)用水與緩沖液、槍頭與離心管、酶及其他相關(guān)試劑和耗材等;實(shí)驗(yàn)大環(huán)境的污染,如空氣、灰塵和大多數(shù)物體的表面;實(shí)驗(yàn)人員的毛發(fā)、皮膚碎屑、汗液和唾液等。
RNase分子非常穩(wěn)定,結(jié)構(gòu)中存在二硫鍵,其活性不需要二價(jià)陽離子存在,因此RNase不容易變性,即使高溫或使用變性劑后也容易發(fā)生復(fù)性。
RNase的無處不在,并且穩(wěn)定性強(qiáng),耐熱、耐酸、耐堿,使得RNA相關(guān)研究過程中,RNA樣本中微量的RNase污染也足以讓其降解,導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)失敗或影響RNA分析的結(jié)果。
RNase分為內(nèi)源性和外源性,其中內(nèi)源性RNase在細(xì)胞破裂時(shí)可同時(shí)釋放出來,因此消除內(nèi)源性RNase的作用是RNA提取過程中非常關(guān)鍵的一個(gè)步驟。外源性RNase分布則非常廣泛,空氣、人的皮膚、頭發(fā)和唾液、實(shí)驗(yàn)用水、耗材、原料酶等試劑中都存在RNase,是造成RNA容易降解的重要原因。因此,從源頭上避免RNase污染十分必要,一方面要嚴(yán)格控制外源性RNase的污染,另一方面要最大限度地抑制內(nèi)源性的RNase。
圖1. RNase及抑制劑分類
常見的RNase抑制劑有焦碳酸二乙酯(DEPC)、異硫氰酸胍、氧釩核糖核苷復(fù)合物(RVC)和RNase的蛋白質(zhì)抑制劑(RNasin)。其中,DEPC和異硫氰酸胍具有一定的毒性,RVC對(duì)PCR聚合酶有抑制作用,不利于展開后續(xù)的實(shí)驗(yàn)。RNase的蛋白質(zhì)抑制劑能夠特異地與RNase以非共價(jià)鍵結(jié)合形成復(fù)合體,造成RNase失活,因不具有毒性,不影響后續(xù)PCR實(shí)驗(yàn)等優(yōu)勢(shì),常被用來減少RNase的污染。目前,RNasin主要用于cDNA合成,體外轉(zhuǎn)錄,體外翻譯,以及mRNA-protein復(fù)合物分離純化等過程中保護(hù)RNA不被降解,還可用于特定RNase活性的鑒定等。
翌圣生物以可溶形式在大腸桿菌中表達(dá)純化的重組鼠源/豬源RNase抑制劑,能夠廣泛抑制各種類型RNase(RNase A, B, C),并且該抑制劑不會(huì)抑制聚合酶的活性,如:TaqDNA聚合酶、AMV或M-MuLV反轉(zhuǎn)錄酶或噬菌體RNA聚合酶(SP6、T7或T3),已驗(yàn)證可廣泛應(yīng)用于RT-PCR/qPCR、RNA-seq、cDNA克隆和文庫構(gòu)建等多個(gè)應(yīng)用場景。
此外,除了常規(guī)RNase抑制劑,翌圣生物還開發(fā)了經(jīng)過UCF.ME®超低殘留工藝處理,宿主殘留更低,適合對(duì)背景菌要求更為嚴(yán)格的應(yīng)用場景的RNase抑制劑,助力解決病原檢測中的背景菌干擾,提高檢測準(zhǔn)確度。
無核酸外切酶、切口酶及RNase殘留
圖2. Murine RNase Inhibitor核酸外切酶、切口酶殘留及RNase殘留檢測
注:N代表陰性對(duì)照;1、2、3為3組平行實(shí)驗(yàn)。
E.coli基因組DNA殘留< 0.1 copies/100 U,顯著低于常規(guī)版本
對(duì)不同批次的UCF.ME® Murine RNase Inhibitor進(jìn)行宿主(E.coli)基因組DNA殘留檢測,并與常規(guī)Murine RNase inhibitor的宿主殘留水平對(duì)比,結(jié)果顯示UCF.ME® Murine RNase Inhibitor宿主基因組DNA殘留低于0.1 copies/100 U,顯著低于常規(guī)版本。
圖3.UCF.ME® MRI與常規(guī)版MRI中E.coli基因組殘留檢測結(jié)果對(duì)比
8U/T投入量能有效抑制70ng RNase A
以Total RNA為模板,配制RT-qPCR反應(yīng)體系,驗(yàn)證UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)消化RNaseA能力,結(jié)果表明UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)能有效抑制RNase A,且相較市面上同類產(chǎn)品抑制能力更有優(yōu)勢(shì)。
圖4.UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (Cat#14672ES)對(duì)RNase抑制能力驗(yàn)證
兼容NGS應(yīng)用體系:建庫產(chǎn)量及宿主DNA殘留優(yōu)于進(jìn)口品牌
UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (Cat#14675ES)搭配翌圣全能型逆轉(zhuǎn)錄酶Hifair® Ultra Reverse Transcriptase (200 U/μL) (Cat#14604ES)應(yīng)用于RNA建庫,建庫產(chǎn)量高于進(jìn)口品牌,測序數(shù)據(jù)質(zhì)量相當(dāng)且宿主DNA殘留更低。
圖5. 14675ES搭配14604ES應(yīng)用于RNA-seq建庫產(chǎn)量
圖6. 14675ES搭配14604ES應(yīng)用于RNA-seq測序質(zhì)量
產(chǎn)品定位 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號(hào) |
鼠源RNase抑制劑 | Murine RNase inhibitor (40 U/μL) | 10603ES |
Murine RNase Inhibitor (200 U/µL) | 10610ES | |
Murine RNase Inhibitor (300 U/µL) | 14671ES | |
低殘留鼠源RNase抑制劑 | UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (40 U/μL) | 14672ES |
UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (200 U/μL) | 14673ES | |
UCF.ME® Murine RNase Inhibitor (300 U/μL) | 14674ES | |
低殘留豬源RNase抑制劑 | UCF.ME® Swine RNase Inhibitor (40 U/μL) | 14675ES |
無甘油版RNase抑制劑 | Murine RNase Inhibitor(40 U/µL,Glycerol-free) | 10701ES |
Murine RNase Inhibitor (200 U/μL, Glycerol-free) | 10703ES |
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