病理檢查一直被譽為疾病診斷的“金標準”，是認識疾病本質的理論基礎，病理學診斷在醫(yī)學診斷中常被認為是“quan威診斷”，意義重大。但傳統(tǒng)的病理診斷面臨著主觀因素大，缺乏客觀數(shù)據(jù)；效率低，耗費大量時間；沒有精準的統(tǒng)計，重復性低等缺陷。為此，科學家們也一直在尋求和創(chuàng)造新的分析技術及方法：數(shù)字病理，全切片影像系統(tǒng)，機器學習，人工智能....

病理診斷的工作很復雜，但是病理圖像分析的流程卻很簡單：從標準化制片到染色、掃描成全切片數(shù)字圖像、再到最后的圖像分析及管理和共享，前面的三步隨著設備升級、技術發(fā)展已經能夠高效率進行。最后一步的切片觀察難度依然很大，現(xiàn)階段需要憑靠病理學家們豐富的科研經驗進行判斷，如遇到大批量一起的切片，就非常耗費時間與人力。

多色老師：我成像完了以后想要做數(shù)據(jù)分析，你們有什么軟件推薦嗎？

小愛：目前市面上數(shù)據(jù)分析軟件還是比較多的，像免費的您可以下載imageJ、Qupath，缺點就是用法都需要您自行摸索；我們公司安裝的是HALO和StrataQuest兩款軟件，HALO病理圖像分析平臺，StrataQuest是我們TG的掃描儀平臺自帶的（基本所有的病理領域的分析需求都能滿足，可以出組織流式散點圖，直方圖），從功能、分析的精準度和可操作性來說，肯定是大大優(yōu)于開源軟件的，且有軟件專業(yè)的技術支持團隊能夠答疑解惑。您可以根據(jù)您的實際情況選擇合適的分析軟件，如果您實在無從下手，也可以找Absin，我們可以提供數(shù)據(jù)分析的服務~

那么接下來小愛給大家介紹的HALO，就是針對病理診斷的難點痛點而誕生的一個精準簡便的病理圖像分析平臺。HALO可兼容市場上大多數(shù)掃描儀掃出的圖像文件格式（LEICA, Hamamatsu, 3D Histech, Zeiss, Akoya, KFBIO, JPG, TIFF），這些圖像可直接導入HALO軟件，無需任何格式轉換即可進行編輯和分析。  廣泛的應用于神經科學、代謝組學、腫瘤學、毒理病理學等領域的病理圖像定量研究中。

mIHC定量分析內容：

總分析區(qū)域的細胞數(shù)/細胞核數(shù)，各marker細胞數(shù)/細胞核數(shù)，各marker細胞數(shù)目/細胞核數(shù)占比，各marker陽性細胞平均熒光強度值，每平方微米的平均細胞數(shù)/細胞核數(shù)，面積計數(shù)及多染細胞的共定位信息等...

空間分析內容：

(a)最近鄰分析；(b)鄰近度分析；(c)浸潤分析；(d)密度熱圖分析

1、最近鄰分析（Nearest Neighbor）：確定任何兩個單元格或對象群之間的平均距離和唯YI鄰居的數(shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Cells】–檢測到的類群A的總數(shù)；

2）到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B】(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm)；

3）唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B】– 檢測到的唯YI類群B的總數(shù)。

2、鄰近度分析（Proximity Analysis）：計算與另一個對象或單元格一定距離內的單元格或對象的數(shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Count】– 檢測到的類群A的總數(shù)；

2）類群B數(shù)目【Population B Count】– 檢測到的類群B的總數(shù)；

3）在類群A輸入范圍內的類群B的數(shù)量【Population A within input range µm of Population B】 – 在類群A的輸入范圍內檢測到的類群B的總數(shù)；

4）在類群A輸入范圍內的類群B的百分比【% Population A within input range µm of Population B】 – 在類群A的輸入范圍內檢測到的類群B的百分比；

5）到類群B的平均距離【Average Distance (µm) to Population B】(μm) – 類群A到類群B的平均距離(μm)；

6）唯YI類群B的數(shù)量【Number of Unique Population B】– 檢測到的唯YI類群B的總數(shù)；

7）在類群A輸入范圍內的類群B的平均數(shù)量【Average number of Population A within input range µm of Population B】—在類群A的輸入范圍內檢測到的類群B的平均數(shù)量。

如下所示可以得到zhi定范圍內Immune Positive≤500µm和Immune Positive>500µm的原始數(shù)據(jù)和圖片。

3、浸潤分析（Infiltration Analysis）：確定感興趣的注釋區(qū)域的設置范圍內的單元格或對象的數(shù)量。

1）類群A數(shù)量【Population A Count】– 檢測到的類群A的總數(shù)；

2）交界區(qū)域內的類群A的數(shù)量 【Population A within interface area】– 在界面區(qū)域內檢測到的類群A的總數(shù)；

3）類群A到交界線的平均距離【Population A average distance to interface】– 類群A到交界線的平均距離(µm)；

4）交界區(qū)域的面積【Total interface area】(mm2) – 總交界區(qū)域的總面積；

5）每平方毫米內類群A的平均密度【Population A average density per mm2】– 每平方毫米內類群A的平均密度。

如下所示可以分析交界面外的免疫陽性細胞、交界面中的免疫陽性（內部）細胞和交界面中的免疫陽性（外部）細胞，且可以提供浸潤直方圖（負值對應于交界面內部區(qū)域，正值對應于交界面外部區(qū)域）。

4、密度熱圖分析（Density Heatmap）：計算和可視化分析區(qū)域內的細胞或對象的密度。

1）分析區(qū)域面積【Area Analyzed】 (µm2) – 分析區(qū)域的總面積，單位為µm2；

2）細胞群數(shù)量【Cell Population Count】 – 檢測到的細胞群的數(shù)量；

3）距離設定半徑內的平均細胞數(shù)量【Average Cell Population within Distance µm Radius】– 在每個像素周圍設置的半徑內計數(shù)的細胞類群的平均數(shù)量。將值相加并除以ROI內的像素數(shù)。該輸出值等于平均細胞類群密度輸出乘以給定半徑的圓的面積；

4）平均細胞類群密度（細胞種群/µm2）– 此輸出將上述指標縮放為每個區(qū)域的平均對象數(shù)量單位。在用戶定義的每個像素周圍的區(qū)域內計數(shù)的對象的平均密度除以給定半徑的圓的面積；

5）距離設定半徑內的最小細胞類群數(shù)量 – 在每個像素周圍用戶定義的區(qū)域內計數(shù)的最小對象數(shù)；

6）最小細胞類群群密度（細胞群/µm2）– 在每個像素周圍用戶定義的區(qū)域內計數(shù)的對象的最小密度；

7）距離設定半徑內的最大細胞類群數(shù)量 – 在每個像素周圍的用戶定義區(qū)域內計數(shù)的最大對象數(shù)；

8）最大細胞群密度（細胞群/µm2）– 在每個像素周圍用戶定義的區(qū)域內計數(shù)的對象的最大密度。

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