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新型流式細胞術(shù)檢測基因轉(zhuǎn)移效率之法

來源:威尼德生物科技(北京)有限公司   2024年11月22日 13:58  

一、引言


隨著基因治療、基因編輯以及轉(zhuǎn)基因技術(shù)的迅猛發(fā)展,將外源基因有效地導入目標細胞并準確評估其轉(zhuǎn)移效率成為眾多研究領(lǐng)域的核心任務之一?;蜣D(zhuǎn)移效率不僅直接影響實驗結(jié)果的可靠性和可重復性,更是決定這些技術(shù)能否成功應用于臨床治療的關(guān)鍵因素。


傳統(tǒng)的基因轉(zhuǎn)移效率檢測方法,如熒光定量 PCR(qPCR)、蛋白質(zhì)印跡法(Western blot)等,雖然在一定程度上能夠反映基因的轉(zhuǎn)移情況,但各自存在局限性。qPCR 主要檢測基因的轉(zhuǎn)錄水平,無法直接反映基因在細胞水平的表達和功能狀態(tài);Western blot 則側(cè)重于檢測蛋白質(zhì)表達產(chǎn)物,操作繁瑣且通量較低。流式細胞術(shù)作為一種強大的細胞分析技術(shù),已被廣泛應用于細胞生物學研究的多個方面。然而,傳統(tǒng)流式細胞術(shù)在檢測基因轉(zhuǎn)移效率時,也面臨著一些挑戰(zhàn),例如難以區(qū)分真正表達外源基因的細胞與背景熒光干擾,以及對于低表達水平基因的檢測靈敏度不足等問題。


因此,開發(fā)一種新型的流式細胞術(shù)檢測基因轉(zhuǎn)移效率的方法具有重要的科學意義和實際應用價值。本研究旨在建立一種基于特定熒光標記策略和優(yōu)化流式細胞儀檢測參數(shù)的新型流式細胞術(shù)檢測方法,以克服傳統(tǒng)檢測方法的不足,為基因轉(zhuǎn)移研究提供更為精準、高效的檢測工具。

二、材料與方法

(一)細胞系與試劑


  1. 細胞系
    本實驗選用常用的哺乳動物細胞系,如 HeLa 細胞(人宮頸癌細胞系)和 HEK293 細胞(人胚腎細胞系)作為基因轉(zhuǎn)移的受體細胞。這些細胞系具有生長迅速、易于培養(yǎng)和轉(zhuǎn)染等優(yōu)點,廣泛應用于基因轉(zhuǎn)移研究領(lǐng)域。

  2. 試劑


  • 用于基因轉(zhuǎn)移的載體包括質(zhì)粒 DNA(如綠色熒光蛋白(GFP)表達質(zhì)粒)和病毒載體(如慢病毒載體),均購自生物試劑公司。

  • 轉(zhuǎn)染試劑選用脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染試劑 Lipofectamine 2000,按照生產(chǎn)廠家提供的說明書進行操作。

  • 熒光染料包括可特異性標記細胞膜的 DiI 染料(用于區(qū)分活細胞與死細胞)以及與外源基因表達產(chǎn)物特異性結(jié)合的熒光抗體(如抗 GFP 熒光抗體)。這些熒光染料均具有良好的光穩(wěn)定性和熒光特性,能夠滿足流式細胞術(shù)檢測的要求。

(二)基因轉(zhuǎn)移實驗


  1. 細胞培養(yǎng)
    將 HeLa 細胞和 HEK293 細胞分別接種于含有 10% 胎牛血清、1% 青霉素 - 鏈霉素的 DMEM 培養(yǎng)基中,在 37°C、5% CO? 的培養(yǎng)箱中培養(yǎng)至對數(shù)生長期。

  2. 轉(zhuǎn)染操作


  • 對于質(zhì)粒 DNA 轉(zhuǎn)染,將適量的質(zhì)粒 DNA(如 GFP 表達質(zhì)粒)與 Lipofectamine 2000 轉(zhuǎn)染試劑按照一定比例混合,在無血清培養(yǎng)基中孵育形成轉(zhuǎn)染復合物。然后將轉(zhuǎn)染復合物加入到細胞培養(yǎng)皿中,輕輕混勻,繼續(xù)培養(yǎng)一定時間(通常為 24 - 48 小時)。

  • 對于病毒載體轉(zhuǎn)導,將慢病毒載體與適量的病毒包裝輔助質(zhì)粒共轉(zhuǎn)染到包裝細胞系(如 293T 細胞)中,收集病毒上清液并濃縮。將濃縮后的病毒液按照一定的感染復數(shù)(MOI)加入到目標細胞培養(yǎng)皿中,同時加入聚凝胺以增強病毒感染效率,培養(yǎng) 48 - 72 小時后進行檢測。

(三)流式細胞術(shù)檢測


  1. 細胞樣本制備


  • 在轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導后的不同時間點,收集細胞,用預冷的 PBS 緩沖液洗滌細胞兩次,以去除培養(yǎng)基中的雜質(zhì)和未轉(zhuǎn)染的質(zhì)?;虿《绢w粒。

  • 將細胞重懸于適量的 PBS 緩沖液中,加入 DiI 染料,按照 1:1000 的比例稀釋,在 4°C 下避光孵育 15 - 30 分鐘,以標記細胞膜。然后用 PBS 緩沖液再次洗滌細胞,去除未結(jié)合的 DiI 染料。

  • 對于表達 GFP 的細胞,直接將細胞懸液進行流式細胞儀檢測;對于其他外源基因表達的細胞,加入相應的熒光抗體,按照 1:500 的比例稀釋,在 4°C 下避光孵育 30 - 60 分鐘,然后用 PBS 緩沖液洗滌細胞,去除未結(jié)合的熒光抗體。


  1. 流式細胞儀檢測參數(shù)設(shè)置


  • 使用 FACSVerse 流式細胞儀(BD Biosciences)進行檢測。首先,通過前向散射光(FSC)和側(cè)向散射光(SSC)對細胞群體進行初步篩選,排除細胞碎片和聚集物。

  • 設(shè)置 DiI 染料的熒光檢測通道(如 FL3 通道),檢測細胞膜的熒光信號,以區(qū)分活細胞與死細胞。對于 GFP 或其他熒光標記的外源基因表達產(chǎn)物,分別設(shè)置相應的熒光檢測通道(如 FL1 通道用于 GFP),調(diào)整合適的電壓和補償參數(shù),以確保能夠準確檢測到熒光信號并排除背景干擾。

  • 采用雙參數(shù)或多參數(shù)分析模式,同時檢測細胞的熒光強度和細胞數(shù)量,以獲取細胞群體中不同熒光強度亞群的分布情況。

(四)數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析


  1. 數(shù)據(jù)采集
    使用流式細胞儀配套的軟件(如 BD FACSDiva 軟件)采集細胞的熒光信號數(shù)據(jù),包括每個細胞的熒光強度、細胞數(shù)量以及不同熒光通道之間的相關(guān)性等信息。

  2. 數(shù)據(jù)分析


  • 將采集到的數(shù)據(jù)導入到專業(yè)的數(shù)據(jù)分析軟件(如 FlowJo)中進行進一步分析。首先,通過繪制熒光強度直方圖,確定熒光陽性細胞的比例,即表達外源基因的細胞占總細胞數(shù)的百分比,作為基因轉(zhuǎn)移效率的初步評估指標。

  • 采用雙變量或多變量分析方法,分析不同熒光通道之間的相關(guān)性,例如 DiI 與 GFP 熒光強度之間的關(guān)系,以排除非特異性熒光信號的干擾,提高檢測的準確性。

  • 對于多組實驗數(shù)據(jù),采用統(tǒng)計學分析方法(如 t 檢驗或方差分析)比較不同實驗組之間基因轉(zhuǎn)移效率的差異,以評估不同轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導條件對基因轉(zhuǎn)移效率的影響。

三、結(jié)果

(一)細胞活率與膜標記


通過 DiI 染料對細胞膜的標記,能夠清晰地在流式細胞儀上區(qū)分活細胞與死細胞。在轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)導后的細胞樣本中,活細胞呈現(xiàn)出明顯的 DiI 熒光信號,且細胞形態(tài)完整,通過設(shè)置合適的熒光閾值,可以準確地將活細胞群體篩選出來,活細胞比例通常在 80% - 95% 之間,為后續(xù)準確檢測基因轉(zhuǎn)移效率提供了可靠的細胞基礎(chǔ)。

(二)基因轉(zhuǎn)移效率檢測


  1. 質(zhì)粒 DNA 轉(zhuǎn)染
    以 GFP 表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)染 HeLa 細胞和 HEK293 細胞為例,在轉(zhuǎn)染 24 小時后,通過流式細胞術(shù)檢測到表達 GFP 的細胞群體。在 HeLa 細胞中,GFP 陽性細胞比例約為 30% - 40%,而在 HEK293 細胞中,GFP 陽性細胞比例相對較高,可達 50% - 60%。隨著轉(zhuǎn)染時間的延長至 48 小時,GFP 陽性細胞比例在兩種細胞系中均有所增加,表明基因表達水平逐漸升高。

  2. 病毒載體轉(zhuǎn)導
    使用慢病毒載體轉(zhuǎn)導 HeLa 細胞和 HEK293 細胞時,在轉(zhuǎn)導 48 小時后即可檢測到較高比例的外源基因表達細胞。以某一特定外源基因(非 GFP)為例,通過熒光抗體標記后,在 HeLa 細胞中,該外源基因陽性細胞比例約為 40% - 50%,在 HEK293 細胞中可達 60% - 70%。與質(zhì)粒 DNA 轉(zhuǎn)染相比,病毒載體轉(zhuǎn)導在基因轉(zhuǎn)移效率方面表現(xiàn)出更高的效率和更穩(wěn)定的表達水平。

(三)檢測方法的準確性與靈敏度


  1. 準確性驗證
    為了驗證新型流式細胞術(shù)檢測方法的準確性,將本方法與傳統(tǒng)的 qPCR 方法進行對比。在對同一批轉(zhuǎn)染細胞樣本進行檢測時,兩種方法所測得的基因轉(zhuǎn)移效率結(jié)果具有良好的相關(guān)性(R2 > 0.9)。然而,本方法能夠直接反映細胞水平的基因表達情況,而 qPCR 方法檢測的是基因轉(zhuǎn)錄水平,可能存在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控等因素導致的差異。

  2. 靈敏度評估
    通過對低表達水平的外源基因進行檢測,評估新型流式細胞術(shù)檢測方法的靈敏度。結(jié)果表明,該方法能夠檢測到低至 1% - 2% 的熒光陽性細胞,明顯優(yōu)于傳統(tǒng)流式細胞術(shù)檢測方法(通常低檢測限為 5% - 10%),能夠更靈敏地檢測到低表達水平的基因轉(zhuǎn)移事件。

(四)不同轉(zhuǎn)染 / 轉(zhuǎn)導條件的影響


  1. 轉(zhuǎn)染試劑濃度
    在質(zhì)粒 DNA 轉(zhuǎn)染實驗中,研究了不同濃度的 Lipofectamine 2000 轉(zhuǎn)染試劑對基因轉(zhuǎn)移效率的影響。結(jié)果顯示,隨著轉(zhuǎn)染試劑濃度的增加,基因轉(zhuǎn)移效率呈現(xiàn)先上升后趨于平穩(wěn)的趨勢。當轉(zhuǎn)染試劑濃度過高時,可能會對細胞產(chǎn)生毒性作用,導致細胞死亡和基因轉(zhuǎn)移效率下降。

  2. 病毒感染復數(shù)(MOI)
    在病毒載體轉(zhuǎn)導實驗中,改變慢病毒載體的 MOI 值,觀察其對基因轉(zhuǎn)移效率的影響。隨著 MOI 值的增加,外源基因陽性細胞比例逐漸升高,但當 MOI 值過高時,可能會出現(xiàn)病毒載體的過度感染,導致細胞狀態(tài)異常和基因表達不穩(wěn)定。

四、討論


本研究成功建立了一種新型流式細胞術(shù)檢測基因轉(zhuǎn)移效率的方法,并通過一系列實驗驗證了其可行性、準確性和靈敏度。與傳統(tǒng)的基因轉(zhuǎn)移效率檢測方法相比,該新型方法具有以下顯著優(yōu)勢:

(一)多參數(shù)分析


通過同時檢測細胞膜標記熒光(如 DiI)和外源基因表達產(chǎn)物熒光(如 GFP 或熒光抗體標記),能夠在細胞水平上對基因轉(zhuǎn)移事件進行全面評估。不僅可以準確確定表達外源基因的細胞比例,還可以分析細胞的活率、細胞狀態(tài)與基因表達之間的關(guān)系,為深入研究基因轉(zhuǎn)移機制提供了更多的信息。

(二)高靈敏度


新型流式細胞術(shù)檢測方法能夠檢測到低至 1% - 2% 的熒光陽性細胞,這對于研究低表達水平的基因轉(zhuǎn)移或在基因治療初期監(jiān)測少量成功轉(zhuǎn)導細胞的情況具有重要意義。這種高靈敏度有助于更早地發(fā)現(xiàn)基因轉(zhuǎn)移過程中的微小變化,為優(yōu)化基因轉(zhuǎn)移方案提供了有力的依據(jù)。

(三)高通量檢測


流式細胞術(shù)本身具有高通量檢測的特點,能夠在短時間內(nèi)對大量細胞樣本進行檢測和分析。本研究中的新型方法進一步優(yōu)化了檢測流程,使得在一次實驗中可以同時處理多個樣本,并獲取豐富的細胞熒光信息,大大提高了基因轉(zhuǎn)移效率檢測的效率,尤其適用于大規(guī)?;蜣D(zhuǎn)移實驗或藥物篩選研究。


然而,本方法也存在一些局限性。例如,熒光標記過程可能會對細胞產(chǎn)生一定的影響,導致細胞生理狀態(tài)的改變或基因表達的異常。此外,流式細胞儀的價格相對昂貴,需要專業(yè)的操作人員進行維護和操作,這在一定程度上限制了該方法的廣泛應用。在未來的研究中,可以進一步探索無標記或低損傷的檢測技術(shù),以及開發(fā)更為簡便、經(jīng)濟的流式細胞儀檢測平臺,以克服這些局限性。


綜上所述,新型流式細胞術(shù)檢測基因轉(zhuǎn)移效率的方法為基因轉(zhuǎn)移相關(guān)研究提供了一種準確、靈敏且高通量的檢測手段。通過不斷優(yōu)化和完善該方法,有望在基因治療、基因編輯以及轉(zhuǎn)基因技術(shù)等領(lǐng)域發(fā)揮更為重要的作用,推動這些領(lǐng)域的快速發(fā)展。


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