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宿主gDNA、試劑背景核酸污染去除只需一款Thermolabile dsDNase!

來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2024年12月17日 08:53  

蛋白純度≥99%,65℃加熱10 min即可快速失活,對樣品中RNA無影響。

在診斷或研究由病原感染引起的疾病時,當前的檢測方法大多針對病原體的基因組進行診斷。然而,僅依靠檢測病原體的基因組核酸只能確認病毒的存在,不足以反映持續(xù)感染或整合入宿主基因組的風險。例如,人乳頭瘤病毒(HPV)DNA的檢出可能只是一次性感染,不代表持續(xù)病變或癌變風險。相反,檢測HPV E6/E7 mRNA水平能提供更精確信息,評估HPV在宿主體內的基因組整合、轉錄活性及持續(xù)感染和致癌可能性。這種方法更關注“病變”而非僅僅是“感染”,有助于識別可能進展為浸潤癌的癌前病變,避免對一次性HPV感染及其良性病變的過度探查和不必要治療。

圖1:HPV病毒感染宮頸細胞示意圖

為確?;騧RNA表達量分析的準確性,必須排除樣本中基因組DNA(gDNA)的干擾,因為其存在可能導致mRNA定量結果的誤差,有效去除mRNA樣本中的gDNA一直是一個技術難題。目前,DNase I是主流用于去除gDNA的酶,但DNase I的滅活需要在體系中額外加入EDTA,容易導致后續(xù)擴增反應受抑制。

 

翌圣Thermolabile dsDNase

針對以上問題,翌圣生物推出了一種熱敏雙鏈DNA特異性核酸酶——Thermolabile dsDNase。該酶能夠選擇性地降解雙鏈DNA,而對單鏈核酸分子幾乎沒有影響。通過裂解雙鏈DNA中的磷酸二酯鍵,生成帶有5'-磷酸和3'-羥基末端的寡核苷酸片段。更重要的是,該產品具有熱敏感性,在65°C條件下可以迅速失活。相比傳統(tǒng)的DNase I,Thermolabile dsDNase更適合快速去除基因組DNA,并且與RT-PCR反應緩沖液兼容,因此可以直接應用于RT-PCR/qPCR等過程中,以清除gDNA污染,從而提高反轉錄效率。

圖2. Thermolabile dsDNase去除gDNA示意圖

 

產品特點

  • 高效:只需37℃ 5 min即可消化1 μg基因組DNA;

  • 純度高:蛋白純度≥99%;

  • RNase酶殘留:對樣品中RNA無影響;

  • 熱敏感:65℃加熱10 min即可快速失活,無需純化,gDNA去除與逆轉錄反應可在同管內完成;

  • 應用廣泛RNA提取或反轉錄實驗前去除gDNA、分子診斷試劑原料中背景菌gDNA污染去除。

 

性能展示

  1. 純度高:蛋白純度≥99%

圖3:SDS-PAGE法檢測14544ES蛋白純度結果

  1. RNase酶殘留:對樣品中RNA無影響

圖4:20 μL反應體系中加入20 U來自進口廠家A、進口廠家B和翌圣3批次Thermolabile dsDNase,同時分別加入0.5 μg 293T RNA,37℃孵育4小時。瓊脂糖凝膠電泳結果顯示,翌圣3批次Thermolabile dsDNase組RNA譜帶與陰性對照一致,進口廠家A和進口廠家B組RNA條帶有輕微降解,說明翌圣3批次Thermolabile dsDNase中無RNase殘留,對樣本中RNA無影響。

 

  1. 熱敏感65℃加熱10 min即可快速失活

圖5:Thermolabile dsDNase熱敏感性驗證結果圖。陰性對照組:未加dsDNase酶;陽性對照組:反應體系中加入0.2 U來自進口廠家A、進口廠家B和翌圣3批次Thermolabile dsDNase;熱處理組:反應體系中加入20 U來自進口廠家A、進口廠家B和翌圣3批次經(jīng)過65℃加熱10 min處理的Thermolabile dsDNase酶。然后,分別在體系中加入1 μg小牛胸腺DNA,37℃孵育5 min。瓊脂糖凝膠電泳結果顯示,0.2 U Thermolabile dsDNase可消化1 μg小牛胸腺DNA,Thermolabile dsDNase經(jīng)過65℃孵育10 min可完失活。

 

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產品定位

產品名稱

產品貨號

gDNA去除

Thermolabile dsDNase

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10303ES

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10603ES

dNTP Mix (25 mM each)

10125ES

 

參考文獻

  1. Ndiaye C, Mena M, Alemany L, et al. HPV DNA, E6/E7 mRNA, and p16INK4a detection in head and neck cancers: a systematic review and meta-analysis[J]. The Lancet Oncology, 2014, 15(12): 1319-1331.

  2. Broccolo F, Fusetti L, Rosini S, et al. Comparison of oncogenic HPV type‐specific viral DNA load and E6/E7 mRNA detection in cervical samples: results from a multicenter study[J]. Journal of medical virology, 2013, 85(3): 472-482.

 


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