高通量聲波基因組剪切儀破解長片段基因組剪切難題,提升測序數(shù)據(jù)完整性
在基因組學與單細胞技術飛速發(fā)展的當下,長片段基因組的精準剪切與片段化處理已成為制約測序數(shù)據(jù)完整性與分析精度的關鍵瓶頸。傳統(tǒng)機械剪切、酶切或超聲破碎技術因熱效應、機械損傷、剪切不均一性等問題,導致DNA片段長度分布離散、末端損傷嚴重,影響單細胞測序的文庫構建質量與數(shù)據(jù)可靠性。近日,上海凈信推出的高通量超聲波基因組剪切儀,憑借其非接觸式聲波聚焦技術與多維參數(shù)調控系統(tǒng),成功破解了長片段基因組剪切難題,為單細胞測序、全基因組測序及復雜樣本研究提供了革命性解決方案。
高通量聲波基因組剪切儀的核心創(chuàng)新在于其磁致伸縮共振超聲技術與智能調控系統(tǒng),主要是通過非接觸式聲波聚焦技術、等溫處理環(huán)境、多維參數(shù)調控系統(tǒng)和其動態(tài)反饋系統(tǒng)等技術特點實現(xiàn)長片段基因組的精準剪切,實現(xiàn)了剪切技術的突破,多維參數(shù)精準調控,實現(xiàn)了無損、均一、高效的剪切。
高通量聲波基因組剪切儀的技術特點:
1. 非接觸式聲波聚焦技術:實驗設備的超聲波通過液體介質傳遞,可形成高能量密度的剪切場,避免了探頭磨損、交叉污染及感染性飛霧風險。在聲波的作用下,樣本溶液中產(chǎn)生微小氣泡,氣泡瞬間坍縮時釋放的沖擊波與微射流對DNA分子施加剪切力,實現(xiàn)片段化。該過程無機械摩擦,減少DNA末端損傷,保護生物標志物完整性。
2. 等溫處理環(huán)境:聲波基因組剪切儀內(nèi)置高精度半導體制冷模塊,配合循環(huán)水浴設計,可確保樣本在剪切過程中始終處于4℃低溫環(huán)境。實驗表明,低溫處理可抑制DNA變性、酶活性降低及RNA降解,保護樣本活性,尤其適用于cfDNA、ctDNA等微量樣本。
3. 多維參數(shù)調控系統(tǒng):實驗設備具有功率梯度調節(jié)、時間精準控制和脈沖模式可選,可靈活適配不同樣本類型。實驗用戶可根據(jù)樣本濃度、粘度及目標片段長度,在范圍內(nèi)調節(jié)超聲功率和儀器運行時間,可滿足不同實驗需求。實驗設備提供連續(xù)波與脈沖波兩種模式,在脈沖模式下,用戶可設置占空比與脈沖頻率,能夠進一步減少熱積累與機械損傷。
4. 動態(tài)反饋系統(tǒng):聲波基因組剪切儀內(nèi)置壓電傳感器實時監(jiān)測聲波能量輸出,確保功率穩(wěn)定性;同時,還可選配熒光檢測模塊,通過與樣本中的熒光染料結合,實時監(jiān)測DNA片段長度分布,實時優(yōu)化剪切效果。
高通量超聲波基因組剪切儀的實驗應用場景:
1. 單細胞測序:聲波基因組剪切儀的實驗可有效提升數(shù)據(jù)完整性與細胞捕獲率。在微量樣本的高效處理中,它可同時處理多個組織樣本,且適配微流控芯片與單細胞捕獲系統(tǒng)。根據(jù)實驗數(shù)據(jù)顯示,剪切后DNA片段長度CV值<5%,那個有效提高文庫構建效率與測序讀長一致性。
2. 全基因組測序:實驗設備能夠有效優(yōu)化長片段組裝與注釋。通過調節(jié)功率與時間,可實現(xiàn)100bp-5kb范圍內(nèi)的片段化,滿足實驗的長讀長測序需求;針對高GC含量、重復序列多的基因組,可通過脈沖模式與低功率處理,減少剪切偏好性,提升組裝完整性。
3. 臨床伴隨診斷:聲波基因組剪切儀的應用能夠提高cfDNA檢測靈敏度。非接觸式處理與等溫環(huán)境減少cfDNA損失,確保稀有突變(如ctDNA)的檢出,使其突變檢出率得到提高,同時還可保障結果的一致性。
此外,在聲波基因組剪切儀處理高濃度基因組DNA時,可提高功率至80%以快速剪切;在處理低濃度cfDNA時,則降低功率至30%以減少損耗。在單細胞測序中需要將DNA剪切至150-300bp,可通過短時間高功率處理實現(xiàn)。
綜上,上海凈信高通量聲波基因組剪切儀,憑借其非接觸式聲波聚焦、等溫處理、多維參數(shù)調控及動態(tài)反饋等技術優(yōu)勢,有效實現(xiàn)了長片段基因組的無損、均一且高效剪切。該設備可適配單細胞測序、全基因組測序及臨床檢測等多場景,可提升數(shù)據(jù)質量與實驗效率,降低樣本損耗與成本。
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