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如何進行MRM/PRM定量蛋白組學分析？

來源：北京百泰派克生物科技有限公司 2025年07月01日 11:01

　　MRM（Multiple Reaction Monitoring，多反應監(jiān)測）和PRM（Parallel Reaction Monitoring，平行反應監(jiān)測）是兩種靶向定量蛋白質(zhì)組學的技術路線。以下是進行MRM/PRM定量蛋白組學分析的一般步驟：

　　一、樣品準備

　　1.蛋白提取：從細胞、組織或其他生物樣品中提取蛋白質(zhì)。

　　2.蛋白處理：可能包括蛋白還原、烷基化、酶切等步驟，以將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)化為適合質(zhì)譜分析的肽段。

　　二、MRM/PRM方法開發(fā)

　　1.目標蛋白和肽段選擇：基于研究目的和已有信息，選擇需要定量的目標蛋白和對應的特異肽段。

　　2.同位素標記：如需要絕對定量，可使用同位素標記的目標肽段作為內(nèi)參。

　　3.MRM/PRM方法建立：利用三重四級桿質(zhì)譜儀（QQQ）或高分辨質(zhì)譜儀（如Orbitrap系列），根據(jù)目標肽段的特性，建立MRM或PRM方法。這包括確定母離子、碎裂離子、碰撞能量等參數(shù)。

　　三、質(zhì)譜分析

　　1.樣品進樣：將處理好的樣品進入質(zhì)譜儀進行分析。

　　2.數(shù)據(jù)采集：在MRM模式下，質(zhì)譜儀會針對預設的母離子進行篩選、碎裂，并采集選定MS/MS2離子的質(zhì)譜信號。在PRM模式下，則是對目標肽段的母離子進行碎裂，并采集二級質(zhì)譜中所有碎片信息。

　　四、數(shù)據(jù)分析

　　1.質(zhì)譜數(shù)據(jù)解析：使用專門的數(shù)據(jù)分析軟件（如Skyline）對采集的質(zhì)譜數(shù)據(jù)進行解析，提取目標肽段的信號強度。

　　2.定量結(jié)果計算：根據(jù)同位素標記肽段的信號強度，計算目標蛋白的絕對定量結(jié)果；或根據(jù)目標肽段與內(nèi)參肽段的信號強度比，計算相對定量結(jié)果。

　　3.生物信息學分析：對定量結(jié)果進行進一步的生物信息學分析，如差異表達分析、功能注釋等。

　　五、結(jié)果驗證與解釋

　　1.方法驗證：通過對比已知濃度的標準品或與其他定量方法（如Western Blot）的結(jié)果進行對比，驗證MRM/PRM方法的準確性和可靠性。

　　2.結(jié)果解釋：結(jié)合研究背景和生物信息學分析結(jié)果，對定量結(jié)果進行解釋和討論。

　　技術特點與應用

　　MRM技術：

　　特點：檢測速度快、離子篩選能力強、儀器穩(wěn)定性好、定量準確性高。

　　應用：適合對特定小群目標蛋白進行大批量樣本的定量檢測，尤其是臨床大隊列樣本。

　　PRM技術：

　　特點：操作簡便、檢測成本低、可靶向監(jiān)測的離子數(shù)量多。

　　應用：適合小批量樣本、較多目標蛋白靶向定量檢測的實驗需求。

　　MRM/PRM定量蛋白組學分析是一種高精準度的蛋白定量鑒定技術，通過合理的樣品準備、方法開發(fā)、質(zhì)譜分析、數(shù)據(jù)分析和結(jié)果驗證步驟，可以對復雜樣品中的多個目標蛋白進行精準定量研究。

MRM/PRM定量蛋白組學分析實驗流程

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