核酸染料 EB(溴化乙錠)和 SafeGreen 在分子生物學(xué)實驗中都用于核酸染色,但兩者在安全性、靈敏度、穩(wěn)定性等方面存在顯著差異,各自具有不同的優(yōu)缺點:
EB 的優(yōu)缺點
優(yōu)點:作為經(jīng)典的核酸染料,EB 具有出色的染色靈敏度,能與 DNA 和 RNA 緊密結(jié)合,哪怕是極微量的核酸也能被清晰染色,適用于對靈敏度要求核酸檢測場景。同時,EB 與核酸結(jié)合后,在紫外光激發(fā)下可產(chǎn)生強熒光信號,使核酸條帶在凝膠成像中清晰可見,便于觀察和分析 。此外,EB 的價格相對較低,在大規(guī)模核酸檢測實驗中,使用成本優(yōu)勢明顯,適合預(yù)算有限且對安全性要求不苛刻的實驗室基礎(chǔ)研究 。
缺點:EB 是一種強誘變劑,具有高致癌性,可嵌入 DNA 堿基對之間,干擾 DNA 復(fù)制和轉(zhuǎn)錄,對實驗人員的健康構(gòu)成嚴重威脅,長期接觸易引發(fā)基因突變和癌癥 。而且,EB 具有高毒性,進入環(huán)境后難以降解,會對生態(tài)系統(tǒng)造成持久危害,需特殊處理廢棄物 。另外,EB 染色后背景熒光較高,會影響核酸條帶分辨率,尤其是在檢測小分子核酸或低濃度核酸時,易導(dǎo)致條帶模糊、難以準確分析 。
SafeGreen 的優(yōu)缺點
優(yōu)點:SafeGreen 分子量較大,無法穿透細胞膜,低細胞毒性和低致突變性使其對實驗人員和環(huán)境更友好,尤其適用于細胞培養(yǎng)等對生物安全性要求高的實驗 。在瓊脂糖凝膠電泳中,無論是低濃度還是高濃度核酸樣品,SafeGreen 都能清晰顯示條帶,靈敏度與傳統(tǒng)高靈敏度染料相當,可滿足 PCR 產(chǎn)物鑒定等多種實驗需求 。同時,SafeGreen 與常用電泳緩沖溶液兼容性良好,對溫度、pH 值等環(huán)境因素變化有一定耐受性,熒光信號穩(wěn)定,不易淬滅,能保證實驗結(jié)果的準確性和可重復(fù)性 。此外,采用膠染法染色時,SafeGreen 不會影響 DNA 條帶遷移,也無條帶扭曲現(xiàn)象,還可被藍光和紫外光激發(fā),適配不同成像設(shè)備,應(yīng)用靈活 。
缺點:由于在研發(fā)和生產(chǎn)過程中對安全性和性能要求高,SafeGreen 的成本和市場價格相對較高,對于樣本量大、預(yù)算有限的實驗室,使用成本是較大負擔 。在某些檢測條件下,與部分超敏型核酸染料相比,SafeGreen 的熒光強度可能不足,對于含量極低且缺乏信號放大手段的核酸樣本檢測,可能無法提供足夠強的熒光信號 。采用泡染法時,SafeGreen 染色時間相對較長,通常需振蕩孵育 30 - 60 分鐘,不適用于追求快速出結(jié)果的實驗場景 。