氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀GC-MS主要由三部分組成：色譜部分、質(zhì)譜部分和數(shù)據(jù)處理系統(tǒng).色譜部分和一般的色譜儀基本相同,包括有柱箱、汽化室和載氣系統(tǒng),也帶有分流/不分流進(jìn)樣系統(tǒng),程序升溫系統(tǒng)、壓力、流量自動控制系統(tǒng)等,利用質(zhì)譜儀作為色譜的檢測器.
    色譜儀是在常壓下工作,而質(zhì)譜儀需要高真空,因此,色譜儀使用填充柱時,必須經(jīng)過分子分離器這種接口裝置,將色譜載氣去除,zui后使樣品氣進(jìn)入質(zhì)譜儀.若色譜儀使用的是毛細(xì)管柱,由于毛細(xì)管載氣流量比填充柱小得多,不會破壞質(zhì)譜儀真空,則可以將毛細(xì)管直接插入質(zhì)譜儀離子源.　　
　　GC-MS的質(zhì)譜儀部分可以是磁式質(zhì)譜儀、四極質(zhì)譜儀,也可以是飛行時間質(zhì)譜儀和離子阱.目前使用zui多的是四極質(zhì)譜儀.離子源主要是EI源和CI源.
　　GC-MS的另外一個組成部分是計算機(jī)系統(tǒng).隨著計算機(jī)技術(shù)的提高,GC-MS的主要操作全部由計算機(jī)控制進(jìn)行.這些操作包括利用標(biāo)準(zhǔn)樣品（一般用FC-43）校準(zhǔn)質(zhì)譜儀,設(shè)置色譜和質(zhì)譜的工作條件,數(shù)據(jù)的收集和處理以及庫檢索等.一個混合物樣品進(jìn)入色譜儀后,在合適的色譜條件下,被分離成單一組成并逐一進(jìn)入質(zhì)譜儀,經(jīng)離子源電離得到具有樣品信息的離子,再經(jīng)分析器、檢測器即得每個化合物的質(zhì)譜.這些信息都由計算機(jī)儲存,根據(jù)需要,可以得到混合物的色譜圖、單一組分的質(zhì)譜圖和質(zhì)譜的檢索結(jié)果等.根據(jù)色譜圖還可以進(jìn)行定量分析.因此,GC-MS是有機(jī)物定性、定量分析的有力工具.
    作為GC-MS聯(lián)用儀還可以有直接進(jìn)樣桿和FAB源等作為附件.但是FAB源只能用于磁式雙聚焦質(zhì)譜儀.直接進(jìn)樣桿主要是分析高沸點的純樣品,不經(jīng)過GC進(jìn)樣,而是直接送到離子源,加熱汽化后,由EI電離.另外,GC-MS的數(shù)據(jù)系統(tǒng)可以有幾套數(shù)據(jù)庫,主要有NIST庫,Willey庫,農(nóng)藥庫等.
    氣相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀有靈敏性強(qiáng)、準(zhǔn)確性高、自動化等特點,廣泛應(yīng)用于食品、藥品、環(huán)境監(jiān)測等領(lǐng)域,與我們的日常生活和科學(xué)研究活動密不可分.

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