目前常見的微生物鑒定原理有以下幾種：

1. 酸堿反應：細菌代謝碳水化合物，一般產(chǎn)生酸性物質；分解蛋白質或氨基酸，則產(chǎn)生堿性物質，根據(jù)不同細菌的理化性質不同，測定細菌的分解底物導致PH值變化而產(chǎn)生的不同顏色，來判斷菌種。

2. 酶譜分析：根據(jù)細菌生長產(chǎn)生酶的特性，在測定底物中加入基質。使其與細菌生長過程中的酶結合成熒光物質，可以在較短的時間判定菌種。

3. 高壓液相色譜分析：用氣相色譜檢測細菌在液體培養(yǎng)基中的代謝產(chǎn)物（揮發(fā)和非揮發(fā)脂肪酸），結果與數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)比較后，得出鑒定結果。

4. 代謝指紋法：20世紀80年代初，美國BIOLOG公司開發(fā)了一種新的微生物鑒定方法-代謝指紋法，并將其應用于微生物的自動化檢測。其原理是根據(jù)細菌對碳源（或氮源）利用的差異來區(qū)別和鑒定細菌，不同的細菌會利用不同碳源（或氮源）進入新陳代謝過程（稱為呼吸），而對其他一些碳源（或氮源）則無法利用，將每種細菌能利用和不能利用的一系列碳源（或氮源）進行排列組合，就構成了該種細菌特定的代謝指紋，由于細菌在利用碳源進行呼吸時，會發(fā)生一系列的氧化-還原反應，產(chǎn)生電子，TTC（四唑紫，2，3，5-TriphenylTetrazoliumChloride）在呼收電子后，會由無色的氧化型轉變?yōu)樽仙倪€原型，通過肉眼觀察或計算機控制的讀數(shù)儀，將反應結果同數(shù)據(jù)庫中的指紋進行比對，從而得到細菌的鑒定結果。

BIOLOG公司的基于代謝指紋法原理的細菌鑒定系統(tǒng)，在擁有二十多項，該系統(tǒng)在在96孔板條上實現(xiàn)95個反應，大大提高了鑒定的準確率，代謝指紋技術的運用，使該系統(tǒng)與傳統(tǒng)的酸堿或細菌的生長反應相比。細菌鑒定的范圍更為廣泛。目前，BIOLOG的微生物鑒定系統(tǒng)不僅能夠鑒定常見的腸桿菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、嗜血桿菌、厭氧菌、酵母樣真菌、絲狀真菌等近2000種微生物，幾乎覆蓋了所有重要的人體、動植物微生物和大部分環(huán)境微生物。

現(xiàn)在，美國半數(shù)以上的州立實驗室和國家疾控中心（CDC）都在使用BIOLOG公司的產(chǎn)品，十幾年來，BIOLOG公司在六十多個國家和地區(qū)共銷售了1700多套微生物鑒定系統(tǒng)，今天，BIOLOG公司也來到了中國，與復星合作成立復星佰路，其專為中國臨床市場開發(fā)的基于代謝指紋技術的微生物鑒定及藥敏分析系統(tǒng)將為臨床實驗室和廣大患者帶來更可靠的微生物檢測結果。