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你不知道的實(shí)驗(yàn)小技巧

來(lái)源:廣州譽(yù)維生物科技儀器有限公司   2015年01月14日 11:05  

平時(shí)在實(shí)驗(yàn)室zui常聽(tīng)到的一句話(huà)就是「實(shí)驗(yàn)為什么會(huì)是這樣的呢」。然后仔細(xì)一查找原因,往往是由于操作上面的不認(rèn)真,或是一些小小的細(xì)節(jié)沒(méi)有注意到。

 

小編為大家整理了實(shí)驗(yàn)小技巧,希望對(duì)大家有幫助。

 

 

質(zhì)粒 DNA 提取

 

提取質(zhì)粒的時(shí)候,zui后一步的酒精揮發(fā)很關(guān)鍵,基本上是其后續(xù)的酶切反應(yīng)的決定性因素。所以這一步盡量揮發(fā)長(zhǎng)一點(diǎn)時(shí)間,是空調(diào)吹熱風(fēng),或是 37℃ 溫箱放長(zhǎng)一點(diǎn)的時(shí)間,我試過(guò)室溫到次日,酶切很好。

 

將 Amp 濃度提高到 200 ug/ml,下班前接種,次日一早收獲菌體,OD 雖然不高,質(zhì)粒豐度卻不一般。菌體量少些,操作體積(管數(shù))也?。ㄉ伲?。

 

手提質(zhì)粒,如果用氛氯仿和氯仿兩步抽提,注意一下手法,嚴(yán)格按照參考書(shū)上面的操作的話(huà),提出的質(zhì)粒不比任何質(zhì)粒提取試劑盒差,我感覺(jué)好像還好一點(diǎn),我就用過(guò)一次試劑盒,比較了之后不如我手提的好,以后再也沒(méi)用過(guò)了。

 

 

Western Blot

 

做 western blot 的時(shí)候,大家往往會(huì)摸索一抗、二抗的濃度,封閉時(shí)間,曝光時(shí)間等等,而每次變換其中的一個(gè)條件就需要重新跑膠、轉(zhuǎn)膜,甚至重新提蛋白,這樣會(huì)浪費(fèi)大量的時(shí)間。其實(shí)*沒(méi)有必要這樣。一次轉(zhuǎn)膜后,將 PVDF 膜晾干,裁減成小塊,保存起來(lái),用的時(shí)候取出一塊,沒(méi)有任何影響。這對(duì)于摸索條件的戰(zhàn)友來(lái)說(shuō),節(jié)約了大量的時(shí)間。

 

做 western blot 轉(zhuǎn)膜時(shí),膠放在轉(zhuǎn)膜緩沖液中一段時(shí)間,待膠在含有甲醇的緩沖夜中縮小的差不多后裝好轉(zhuǎn)膜裝置,我的經(jīng)驗(yàn)是把膜印在膠上直接在膜上畫(huà)出預(yù)染 maker 條帶,方便的很。因?yàn)楹芏鄷r(shí)候跑電泳時(shí)膠上的預(yù)染 maker 很清楚,等轉(zhuǎn)膜后就不是分辨的很清楚了。要注意畫(huà)好預(yù)染 maker 后就不要使膠和膜發(fā)生對(duì)位移動(dòng)了,以防 maker 失去參照價(jià)值。

 

器具的清潔非常重要,開(kāi)始做前,為了安全,尤其是裝膠的厚薄玻璃板,可以先用中性洗滌劑和自來(lái)水反復(fù)沖洗,確保無(wú)洗滌殘液后用蒸餾水沖洗 2-3 遍,然后用去離子水沖洗一遍。zui后用 95% 酒精再擦一遍后晾干備用。

 

配膠現(xiàn)用現(xiàn)配,先配下層膠(分離膠),后配上層膠(濃縮膠或積層膠),而且在臨灌膠前加 APS 并迅速混勻,即用移液槍抽吸與注入1-2 次即可。

 

 

緩沖液和培養(yǎng)基配置

 

將緩沖液配方中的成分分別以 10-100 倍配成母液儲(chǔ)存,需要的時(shí)候只需將相應(yīng)的母液混合,補(bǔ)加水稀釋即可;

 

配培養(yǎng)基時(shí)通常會(huì)忘記各成分的量,如配 LB 時(shí)的三個(gè)成分不記得到底哪個(gè)是 5 g,哪個(gè)要 10 個(gè),因此可以在常用的試劑瓶的標(biāo)簽上注明所需的量,如配 LB 時(shí),在 NaCl 瓶外注明 10 g/L, yeast 5 g/L, tryton 10 g/L 等,很方便,不需要每次配之前臨時(shí)翻書(shū)。

 

 

PCR

 

在做克隆鑒定的時(shí)候經(jīng)常需要在酶切鑒定前進(jìn)行 PCR 鑒定,每次配制 PCR 反應(yīng)液很繁瑣,可以將其配置類(lèi)似kit的形式,按你需要的反應(yīng)體系列表,然后放大 100 倍配制 100×主反應(yīng)液(100 次反應(yīng)),其中含 buffer,Mg2+,dNTPs,但不含引物和 Taq 酶,然后可以 10× 分裝或一管儲(chǔ)存在-20℃,在需要的時(shí)候拿出融開(kāi),然后按所需的 PCR 反應(yīng)個(gè)數(shù)吸取相應(yīng)的倍數(shù),再補(bǔ)加相應(yīng)反應(yīng)倍數(shù)的 Taq 和引物,混勻后分裝。

 

這樣做的好處如下:可極大的節(jié)省寶貴的時(shí)間,可早點(diǎn)收工,看球;避免每次反應(yīng)加樣不均的可能;大大減少 PCR 假陽(yáng)性的產(chǎn)生。

 

 

酶切

 

如果是要做酶切,提質(zhì)粒的zui后一步是用水溶解 DNA,因?yàn)?TE 里面的離子會(huì)影響酶切的效率。

 

雙酶切制備克隆插入片段的載體,選擇帶有外源片段的質(zhì)粒,是否酶切*,從電泳條帶的分子量上可以比較明確地判斷。空質(zhì)粒單切*和雙切*在分子量上差異不大。

 

在做酶切時(shí),也可以象 PCR 一樣配制主反應(yīng)液,每次反應(yīng)前先列好反應(yīng)的體系,算好需要的反應(yīng)數(shù),然后按所需反應(yīng)的體系按所需反應(yīng)數(shù)放大,加入 buffer、酶、水,質(zhì)粒欄空缺,然后混合后按質(zhì)粒 DNA 的體積分裝,然后再在每管中加入相應(yīng)體積的質(zhì)粒 DNA 酶切。

 

這樣做的好處如下,特別是當(dāng)同時(shí)有十幾個(gè)陽(yáng)性克隆需要鑒定時(shí)尤為明顯:各反應(yīng)成分均一;可大大減少限制型內(nèi)切酶的使用;節(jié)省時(shí)間。

 

 

大腸桿菌轉(zhuǎn)化實(shí)驗(yàn)

 

有時(shí)候*天涂的轉(zhuǎn)化平板、次日早晨轉(zhuǎn)化子可能長(zhǎng)成的菌落比較大(1~2 mm 以上,BL21 就長(zhǎng)得快),下一步轉(zhuǎn)化子做質(zhì)粒鑒定。這個(gè)情況下可以直接挑取一塊菌苔(勿帶出培養(yǎng)基),50 ul 酚/氯仿懸浮菌體,放置兩分鐘,加 40 ul TE 抽提,上層 TE 吸出后再氯仿抽提一次,吸取上層 TE 即質(zhì)粒提取液。提取的質(zhì)??梢灾苯佑糜陔娪竞兔盖?。這樣操作,可以省去轉(zhuǎn)接液體試管的培養(yǎng)步驟,至少節(jié)省 6~8 h的時(shí)間。但是,要在各步驟都控制得很好的情況下才能保證提取和酶切的效果,不同的實(shí)驗(yàn)室或者操作者未必能夠很方便地重復(fù)。

 

轉(zhuǎn)化時(shí)一定要做一個(gè)宿主菌的對(duì)照,即重組質(zhì)粒涂板后再用宿主菌涂相應(yīng)抗性的平板,以確定第二天長(zhǎng)出來(lái)的克隆是否正確,我當(dāng)時(shí)做了三次轉(zhuǎn)化之后才發(fā)現(xiàn)不成功竟然是由于 BL21 可以在 Amp(+)的平板上面生長(zhǎng)。

 

 

蛋白質(zhì)的表達(dá)、分離、純化

 

當(dāng)?shù)鞍状罅康谋磉_(dá)時(shí),包含體的形成幾乎是不可避免的,而且很難通過(guò)改變一些誘導(dǎo)條件來(lái)改變,zui有效的辦法就是換表達(dá)系統(tǒng),所以如果時(shí)間還充分的話(huà),可以嘗試一下,如果時(shí)間較短了,還是安心的做包含體蛋白的處理,變性之后的蛋白通過(guò)一些方法復(fù)性率也可以達(dá)到 60% 以上。

 

 

細(xì)胞凍存和復(fù)蘇實(shí)驗(yàn)

 

可以提前把需要的體積的培養(yǎng)液放到培養(yǎng)瓶里,擰松瓶蓋,放到孵箱里半小時(shí)到 1 h,這樣溫度和 pH 值都已經(jīng)細(xì)胞生長(zhǎng)了。

 

為防止凍存管在升溫時(shí)爆裂等,可以在放入水浴前就提前在超凈臺(tái)里把蓋子擰松一下然后再擰上。從液氮罐里拿出來(lái)不是說(shuō)一定要分秒必爭(zhēng)地放入水浴。細(xì)胞從液氮的零下100 多度升到比如 - 80℃ 這個(gè)過(guò)程對(duì)細(xì)胞沒(méi)有損害。有足夠的時(shí)間處理這些。只不過(guò)一旦細(xì)胞化了,就應(yīng)該爭(zhēng)分奪秒地把它放入培養(yǎng)液了,主要是為了稀釋 DMSO。常溫下高濃度 DMSO 對(duì)細(xì)胞的損害比較大。

 

水浴溫度 40℃ 應(yīng)該也沒(méi)問(wèn)題,但正規(guī)的 protocol 上從來(lái)都只說(shuō) 37℃。反正應(yīng)該相差不大,但不能太高了。另外,不必等細(xì)胞全化了再?gòu)乃±锶〕鰜?lái)。只要冰塊浮起來(lái)了就差不多了。我一般zui多水浴不超過(guò) 1.5 min。然后經(jīng)過(guò)噴酒精消毒什么的差不多又半分鐘過(guò)去了。每次都還有沒(méi)化的。先把已經(jīng)融解的部分吸到培養(yǎng)瓶里,再?gòu)呐囵B(yǎng)瓶里吸些培養(yǎng)液到凍存管里,余下的冰塊瞬間就化了,再一起吸到培養(yǎng)瓶里。

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