罕見(jiàn)病的診斷和治療一直都是難題,而測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)則帶來(lái)了一絲曙光。一般來(lái)說(shuō),患者出現(xiàn)一些癥狀后,通常先看醫(yī)生,然后開(kāi)展外顯子組測(cè)序,并借助研究人員,找到分子機(jī)制。然而,根據(jù)《美國(guó)醫(yī)學(xué)會(huì)雜志》(JAMA)上的一篇文章,這個(gè)順序現(xiàn)在反過(guò)來(lái)了。
文章講述了一個(gè)荷蘭男孩的故事。他叫Vincent Pieterse,出生在2002年底。在嬰兒時(shí)期,他似乎很健康,不過(guò)隨著他漸漸長(zhǎng)大,出現(xiàn)了學(xué)習(xí)障礙、輕微自閉癥、肌張力低下等癥狀,這表明他可能患有遺傳綜合征。不過(guò),神經(jīng)系統(tǒng)疾病和染色體異常的檢測(cè)結(jié)果均為陰性,而家族中也沒(méi)有親戚有相同的癥狀。
在*莫展之時(shí),他的父親Marc了解到外顯子組測(cè)序,并意識(shí)到這種方法能提供許多基因的信息。于是,他找到了荷蘭內(nèi)梅亨大學(xué)的Joris Veltman博士。在他的堅(jiān)持下,Veltman博士同意對(duì)Vincent及其父母進(jìn)行外顯子組測(cè)序。
測(cè)序發(fā)現(xiàn)Vincent編碼核糖體蛋白的基因上有一個(gè)de novo突變,但沒(méi)有數(shù)據(jù)表明這個(gè)突變?nèi)绾沃虏 arc查看了文獻(xiàn),發(fā)現(xiàn)一種Diamond-Blackfan貧血(DBA)的癥狀與Vincent有些相似,不過(guò)Vincent并沒(méi)有貧血,他的突變也從未與DBA相關(guān)聯(lián)。
于是,Marc了這篇文章的作者 – 美國(guó)施耐德兒童醫(yī)院的Jeffrey Lipton博士。2014年秋季,研究人員確認(rèn)Vincent的RNA加工是正常的。不過(guò)Marc確認(rèn)他的兒子患有DBA,于是他給十幾名研究這種疾病的研究人員發(fā)了郵件,包括荷蘭Sanger Research and Landsteiner Laboratory的Alyson MacInnes博士。
Alyson談道:“之前是患者拿著一系列特征來(lái)到診所,進(jìn)行診斷,開(kāi)展外顯子組測(cè)序,然后借助研究人員找到分子機(jī)制,而如今正相反?;颊吣弥怙@子組數(shù)據(jù),研究人員,推測(cè)疾病的機(jī)制,再聯(lián)合醫(yī)生進(jìn)行診斷。”
與其他的DBA病例不同,Vincent的核糖體未發(fā)現(xiàn)異常,因此他的父親懷疑兒子患有一種新穎但相關(guān)的疾病ribosomopathy。在征得醫(yī)生的同意后,Marc將Vincent的亮氨酸送去檢測(cè)。對(duì)于Vincent這樣的病例,外顯子組測(cè)序能幫助醫(yī)生診斷,或至少指明正確的方向。
在JAMA的這篇文章中,作者Ricki Lewis 談到了外顯子組測(cè)序的崛起。如今,大約有幾萬(wàn)人已經(jīng)進(jìn)行了外顯子組測(cè)序,不過(guò)通過(guò)它來(lái)診斷疾病的比例不是太高。根據(jù)加州大學(xué)洛杉磯分校的研究,在一個(gè)814名患者的隊(duì)列中,診斷率為25%。不過(guò),隨著人類基因組的注釋逐步完善,這個(gè)比例有望提高。
此外,外顯子和基因組測(cè)序已進(jìn)入預(yù)防醫(yī)學(xué)領(lǐng)域。專家正在討論,用外顯子組和基因組測(cè)序來(lái)取代目前的新生兒篩查檢測(cè),是否可行。有人預(yù)測(cè),在未來(lái)5到10年,新生兒的基因組測(cè)序?qū)⒆兊贸R?guī)。
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