有害的細菌和真菌不僅可能會污染原材料和生產(chǎn)設備，更糟糕的是有可能會污染最終的成品。我們的Applied Biosystems MicroSEQ™快速微生物鑒定系統(tǒng)(圖1)采用了高度精確的系統(tǒng)發(fā)生學方法，用于微生物的鑒定。這種方法主要是通過對細菌的16S rRNA基因和真菌大亞基的D2基因區(qū)域進行測序，并將測序結果與數(shù)據(jù)庫中經(jīng)過驗證的序列進行比較而完成的。在rRNA測序完成后，MicroSEQ系統(tǒng)自動將測序結果與MicroSEQ微生物數(shù)據(jù)庫中經(jīng)過驗證的序列進行比較。該結果根據(jù)參考序列與樣本間的遺傳距離排列并以遺傳系統(tǒng)發(fā)生樹的方式顯示(圖2)。這一系統(tǒng)包含廣泛驗證的細菌和真菌數(shù)據(jù)庫。細菌序列數(shù)據(jù)庫包含有超過2000個條目，這其中包括葡萄球菌、芽孢桿菌、棒狀桿菌、分枝桿菌以及非發(fā)酵型革蘭氏陰性菌等。真菌數(shù)據(jù)庫涵蓋了超過1100個條目。這兩個數(shù)據(jù)庫經(jīng)常進行更新和擴充。