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上海交大肖澤宇/張健團隊開發(fā)DNA模塊化可編程策略

來源:深圳市富徹爾生物科技有限公司 2023年02月09日 09:37

當(dāng)前,藥物設(shè)計及研發(fā)的一個熱門方向是構(gòu)筑雙價配體分子。該類分子是將兩個藥效明確的配體分子通過連接子偶聯(lián)形成;其中,每個配體分子分別識別兩個不同蛋白受體的位點、或同一蛋白受體的不同位點(如正構(gòu)或變構(gòu)位點),并通過連接子協(xié)調(diào)配體-受體的相互作用,從而增強藥物療效、提高藥物選擇性、并克服耐藥等。雙價配體分子可以調(diào)控的蛋白受體眾多,如G蛋白偶聯(lián)受體(GPCR)、激酶、離子通道、氧化酶以及二聚化蛋白等。由于在藥物研發(fā)上的優(yōu)勢,雙價配體分子越來越受到國際各大研究機構(gòu)的關(guān)注,對許多傳統(tǒng)意義上不可成藥的靶點賦予新的成藥潛力,且已有雙價配體分子進(jìn)入臨床研究,展示了廣闊的開發(fā)前景。

構(gòu)筑雙價配體分子的關(guān)鍵是連接子的篩選及優(yōu)化,因為它能夠通過調(diào)節(jié)兩個配體分子的空間距離及空間構(gòu)象,影響藥理學(xué)活性。當(dāng)前方法主要采用聚合物(如聚乙烯、聚乙二醇等)作為連接子來構(gòu)筑并篩選雙價配體分子,面臨以下問題:首先,聚合物連接子在合成中聚合度難以精確控制,導(dǎo)致難以精準(zhǔn)調(diào)控藥效團之間的空間距離;其次,聚合物連接子常由單一重復(fù)單元構(gòu)成,難以實現(xiàn)配體分子與受體結(jié)合時空間取向的精細(xì)調(diào)節(jié);此外,構(gòu)筑篩選過程中需要將不同長度及結(jié)構(gòu)組成的聚合物連接子逐一與藥效團進(jìn)行化學(xué)偶聯(lián),合成及純化步驟繁瑣。綜上,雙價配體分子的高效構(gòu)筑及精細(xì)調(diào)控是制約本領(lǐng)域發(fā)展的瓶頸問題。

近日,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院肖澤宇課題組與張健課題組合作,在 Cell 子刊 Chem 發(fā)表了題為:DNA-modularized construction of bivalent ligands precisely regulates receptor binding and activation 的研究論文。

該研究開發(fā)了DNA模塊化可編程的策略來構(gòu)筑雙價配體分子,實現(xiàn)在單脫氧核苷酸水平對受體識別及激活構(gòu)象的精細(xì)調(diào)控。

該策略借鑒DNA分子的可編程構(gòu)筑方式,用德國POLYGEN核酸合成儀將兩個配體分子分別修飾成可用于DNA固相合成的“類核苷酸”藥效團模塊,將天然脫氧核苷酸作為連接子模塊,并利用德國POLYGEN核酸合成儀,自動化高效構(gòu)筑雙價配體分子的篩選庫。通過編程脫氧核苷酸的數(shù)目來精細(xì)調(diào)節(jié)連接子的長度,實現(xiàn)對兩個藥效團之間空間距離在0.33納米尺度的調(diào)控;通過編程脫氧核苷酸的堿基排列來調(diào)節(jié)連接子的結(jié)構(gòu)多樣化,實現(xiàn)對藥效團空間取向的精細(xì)調(diào)控,從而高效篩選獲得對受體識別親和力最高、激動效能zui強的雙價配體分子。該策略為雙價配體分子的設(shè)計開發(fā)提供了全新的思路,在藥物設(shè)計及生物醫(yī)學(xué)研究領(lǐng)域具有廣泛的應(yīng)用前景。


為證實此設(shè)計策略的可行性,團隊結(jié)合各自的研究優(yōu)勢,針對同一蛋白受體的正構(gòu)和變構(gòu)位點,構(gòu)筑了一個“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價配體分子,即一個配體分子與蛋白受體的正構(gòu)位點結(jié)合,另一個配體分子與變構(gòu)位點結(jié)合。具體而言,本工作中蛋白受體選用M1毒蕈堿型乙酰膽堿受體(M1Rs),是一類與認(rèn)知功能、腫瘤發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)的GPCR受體。雙價配體分子中,一個配體分子為正構(gòu)激動劑占諾美林(簡稱X),識別M1Rs的正構(gòu)位點;另一個配體分子為變構(gòu)調(diào)節(jié)劑BQCA(簡稱B),識別M1Rs的變構(gòu)位點。通過這樣一個“正構(gòu)-變構(gòu)”雙價配體分子的協(xié)同調(diào)節(jié),實現(xiàn)對M1受體(而非M2~M5受體)亞型的識別及激動選擇性,降低副作用。

研究團隊首先借鑒天然脫氧核苷酸的修飾策略構(gòu)建了X與B的藥效團模塊,并證實修飾后保留了原藥的活性。進(jìn)一步,利用POLYGEN核酸合成儀固相合成技術(shù),設(shè)計了藥效團間含有1-7個脫氧核苷酸的雙價配體,篩選發(fā)現(xiàn)當(dāng)連接子為兩個脫氧核苷酸時,雙價配體對于M1受體的選擇性zuiqiang。在此基礎(chǔ)上,對兩個脫氧核苷酸的堿基排列進(jìn)行編程,得到16種含有不同結(jié)構(gòu)組成連接子的雙價配體庫,篩選發(fā)現(xiàn)單脫氧核苷酸水平排列的差異化使雙價配體對M1受體激動的效價強度呈現(xiàn)出zuidi10-3的細(xì)微改變,且當(dāng)連接子的堿基排列為“AA”時,雙價配體選擇性激動M1受體的能力zuiqiang,比傳統(tǒng)方法提高近30倍。

最后,研究團隊探討了此zuiyou雙價配體與M1受體作用的分子機制。通過分子對接預(yù)測并實驗證實了此雙價配體與M1受體作用的氨基酸位點。據(jù)此通過分子動力學(xué)模擬,發(fā)現(xiàn)BAAX雙價配體可將M1受體構(gòu)象穩(wěn)定在其激活構(gòu)象zui接近的狀態(tài),從而展示了強效激活M1受體的能力。


德國POLYGEN GMBH作為核酸合成儀最早一批的向?qū)?,擁有(COLUMN SLIDER SYSTERM)滑塊系統(tǒng)zhuanli技術(shù),于1992年3月6日在德國zhuanli局獲得了zhuanli證書,從而使核酸合成試劑消耗量大幅降低,特別適合特殊修飾合成。北京賽百盛、樂普(北京)醫(yī)療器械股份有限公司、廈門致善生命科學(xué)有限公司、天津鍵凱科技有限公司,天津Ambison Bioscince Inc.等多家引物合成服務(wù)商和診斷試劑公司已選擇POLYGEN合成儀作為特殊修飾合成、siRNA合成、大規(guī)模合成(1umol-30umol)的專用儀器。

德國POLYGEN合成儀現(xiàn)已在:武漢大學(xué)化學(xué)院、香港大學(xué)化學(xué)系、廈門大學(xué)譜學(xué)分析與儀器教育部重點實驗室、深圳計量質(zhì)量檢測研究院、湖南大學(xué)化工學(xué)院、中國地質(zhì)大學(xué)材料與化學(xué)學(xué)院、天津醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院、華南理工大學(xué)生物科學(xué)與工程學(xué)院、東南大學(xué)生物電子學(xué)國家重點實驗室、中國科學(xué)院長春應(yīng)用化學(xué)研究所、山西醫(yī)科大學(xué)、北京放射醫(yī)學(xué)研究所、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所等醫(yī)藥研發(fā)實驗室,等等科研單位的核酸合成儀招標(biāo)項目中標(biāo)。

德國POLYGEN GMBH公司從1990年開始,在引物合成和DNA/RNA合成儀制造領(lǐng)域擁有30年的經(jīng)驗,POLYGEN在德國研制和生產(chǎn)DNA/RNA合成儀和純化儀系列產(chǎn)品。歐洲、美國、日本和中國市場上最大和最成功的引物生產(chǎn)商正在使用POLYGEN的儀器設(shè)備。

德國POLYGEN系列DNA合成儀主要型號:POLYGEN-10(10柱合成儀)、POLYGEN-12(12柱合成儀)、POLYGEN-48(48柱合成儀)、POLYGEN-96(96柱合成儀)、POLYGEN-192(192柱合成儀)

POLYGEN合成儀是best適合特殊修飾合成。
POLYGEN合成儀是高純度核酸引物合成的zuijia選擇。
POLYGEN合成儀是長鏈和超長鏈引物、熒光標(biāo)記/探針、RNA/LNA等高難度引物合成的zuijia選擇。

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