什么是De Novo測(cè)序？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹

De Novo測(cè)序是指在沒(méi)有任何已知序列信息或參考數(shù)據(jù)庫(kù)的情況下，通過(guò)實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)直接推斷出一段生物分子（如DNA、RNA、dànbáizhì）的原始一級(jí)結(jié)構(gòu)的技術(shù)。它是研究全新物種、新突變體、未知抗體、天然蛋白等生物樣本時(shí)的關(guān)鍵方法。在dànbáizhì組學(xué)領(lǐng)域，De Novo測(cè)序是利用高分辨率質(zhì)譜（MS/MS）對(duì)酶解后的多肽片段進(jìn)行碎片離子分析，通過(guò)軟件算法解析離子峰圖譜，從而逐個(gè)推斷氨基酸序列，再拼接出完整蛋白序列的過(guò)程。與傳統(tǒng)依賴數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的方法不同，De Novo測(cè)序是真正的結(jié)構(gòu)推斷技術(shù)，能發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)中不存在的新蛋白、突變形式或翻譯后修飾。

一、De Novo測(cè)序與數(shù)據(jù)庫(kù)測(cè)序有何不同？

二、De Novo測(cè)序的應(yīng)用價(jià)值

De Novo測(cè)序不再只是前沿實(shí)驗(yàn)室的探索性技術(shù)，而正在成為抗體藥物研發(fā)、非模式物種研究、生物信息挖掘和生物制藥質(zhì)量控制中的剛性需求。

1、抗體結(jié)構(gòu)重建與表達(dá)模板設(shè)計(jì)

抗體是當(dāng)前zuì重要的治療性蛋白藥物之一，但在實(shí)際應(yīng)用中，科研人員和企業(yè)手中常常只有抗體的蛋白樣品，卻無(wú)法獲得其原始基因序列或來(lái)源細(xì)胞。在這種情況下，De Novo測(cè)序技術(shù)可直接對(duì)抗體蛋白進(jìn)行酶解與質(zhì)譜分析，還原出重鏈與輕鏈的完整氨基酸序列，特別是CDR區(qū)域，進(jìn)而可用于后續(xù)cDNA反向設(shè)計(jì)、表達(dá)系統(tǒng)構(gòu)建及功能驗(yàn)證。這項(xiàng)技術(shù)正在幫助科研人員復(fù)現(xiàn)老抗體、開(kāi)發(fā)生物類似藥、優(yōu)化親和力突變?cè)O(shè)計(jì)等，顯著提升抗體工程效率。

2、疫苗誘導(dǎo)抗體譜圖分析與臨床免疫研究

在疫苗開(kāi)發(fā)和免疫評(píng)估中，研究者越來(lái)越關(guān)注疫苗誘導(dǎo)產(chǎn)生的多克隆抗體是否具備高親和性和中和能力。傳統(tǒng)BCR測(cè)序無(wú)法反映抗體翻譯后修飾與真實(shí)構(gòu)象，而De Novo測(cè)序可以直接對(duì)血清或組織液中的抗體蛋白進(jìn)行結(jié)構(gòu)解析，捕捉其真實(shí)表達(dá)形式與修飾狀態(tài)，實(shí)現(xiàn)抗體克隆譜圖的重建與功能富集。特別是在腫瘤疫苗、HIV、中和抗體研發(fā)等領(lǐng)域，這項(xiàng)技術(shù)正成為理解免疫反應(yīng)的關(guān)鍵工具。

3、非模式生物和未知物種蛋白解析

在植物、微生物、海洋生物、中藥活性成分等非模式生物研究中，dànbáizhì組數(shù)據(jù)庫(kù)普遍存在缺失或注釋不全的情況。De Novo測(cè)序無(wú)需參考基因組或已知蛋白序列，適用于新物種、新組織、新?tīng)顟B(tài)下的dànbáizhì表達(dá)探索。例如：在研究中藥成分中蛋白類活性物質(zhì)時(shí)，De Novo測(cè)序可直接從提取物中識(shí)別出生物活性蛋白，從而推進(jìn)天然藥物開(kāi)發(fā)。

4、生物藥一致性驗(yàn)證與質(zhì)量控制

在生物藥生產(chǎn)過(guò)程中，不同批次、不同表達(dá)系統(tǒng)（如CHO與HEK293）可能會(huì)引入微小的結(jié)構(gòu)差異，甚至改變翻譯后修飾模式。De Novo測(cè)序能夠?qū)崿F(xiàn)對(duì)表達(dá)產(chǎn)物的全長(zhǎng)結(jié)構(gòu)還原與比對(duì)，不僅能識(shí)別顯著突變，還能標(biāo)注糖基化、氧化、異構(gòu)體等微觀修飾，有效支持藥品一致性評(píng)估、仿制藥開(kāi)發(fā)及申報(bào)材料撰寫(xiě)。

5、癌癥新抗原（Neoantigen）發(fā)現(xiàn)與個(gè)性化miǎnyìzhìliáo

癌細(xì)胞中常常會(huì)產(chǎn)生dútè的突變肽段，即“新抗原”。這些Neoantigen是當(dāng)前癌癥疫苗、T細(xì)胞治療的核心靶標(biāo)。傳統(tǒng)蛋白組分析方式常因序列突變與修飾錯(cuò)過(guò)這些低豐度新肽段，而De Novo測(cè)序可以識(shí)別數(shù)據(jù)庫(kù)中從未注釋的、僅在病灶表達(dá)的新肽段，配合免疫原性預(yù)測(cè)工具，為個(gè)體化治療提供jīngzhǔn標(biāo)靶。

6、蛋白修飾圖譜構(gòu)建與結(jié)構(gòu)功能關(guān)聯(lián)研究

許多蛋白的生物學(xué)功能受其翻譯后修飾調(diào)控（如糖基化、乙?；⒘姿峄龋?。De Novo測(cè)序不僅能還原蛋白本體序列，還能在高分辨質(zhì)譜數(shù)據(jù)中同步解析修飾類型、修飾位點(diǎn)和修飾占比。這為探索蛋白功能狀態(tài)、構(gòu)象變化、相互作用機(jī)制提供了可靠數(shù)據(jù)支撐，是結(jié)構(gòu)生物學(xué)、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)研究等方向的重要工具。

百泰派克生物科技的De Novo測(cè)序服務(wù)

在百泰派克，我們?yōu)榭贵w研究、蛋白藥研發(fā)、疾病機(jī)制研究等提供高精度、高覆蓋、高復(fù)現(xiàn)性的De Novo測(cè)序解決方案。技術(shù)特色包括：

* 多酶消化 + 高分辨質(zhì)譜（Orbitrap Fusion Lumos）

• 自研De Novo拼接算法 + 人工復(fù)核機(jī)制

• 支持修飾識(shí)別、CDR覆蓋、序列建模與表達(dá)驗(yàn)證

• 適用于抗體、融合蛋白、重組酶、突變蛋白等多種類型

無(wú)論您是科研人員還是生物醫(yī)藥從業(yè)者，只需提供抗體或蛋白樣本，我們可在3~4周內(nèi)為您還原出可重組、可表達(dá)、可用于zhuānlì設(shè)計(jì)的完整結(jié)構(gòu)信息。在信息高度依賴數(shù)據(jù)庫(kù)的jīntiān，De Novo測(cè)序代表著另一種能力——不依賴他人、從零開(kāi)始、解讀未知。它不是替代數(shù)據(jù)庫(kù)方法，而是在面對(duì)全新課題、復(fù)雜樣本、未知抗體時(shí)，zuì可靠、zuì靈活、zuì具探索性的策略。百泰派克生物科技將持續(xù)以zhuānyè的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)與計(jì)算能力，幫助更多客戶走出數(shù)據(jù)庫(kù)的“舒適區(qū)”，走進(jìn)蛋白結(jié)構(gòu)的“真實(shí)世界”。

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測(cè)序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測(cè)序系統(tǒng)對(duì)dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測(cè)序分析服務(wù)，包括對(duì)dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對(duì)于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測(cè)序法的dànbáizhì從頭測(cè)序服務(wù)，對(duì)蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.采用目前世界上優(yōu)良的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對(duì)所測(cè)定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測(cè)定蛋白N端多達(dá) 70個(gè)氨基酸序列;

4.可測(cè)定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測(cè);

6.測(cè)序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺(tái)結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1 .高通量定量蛋白分析:多對(duì)照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測(cè)較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個(gè)細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個(gè)細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號(hào)分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢(shì)：

1.技術(shù)優(yōu)良，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問(wèn)題。可在單細(xì)胞層面上對(duì)多種指標(biāo)同時(shí)進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時(shí)檢測(cè)51個(gè)目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個(gè)左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級(jí)的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會(huì)有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測(cè)細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個(gè)以上I型多肽和10,000個(gè)以上II型多肽的鑒定和識(shí)別。通過(guò)我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺(tái)進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識(shí)別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級(jí)結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測(cè)平臺(tái)

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測(cè)和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過(guò)CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計(jì)量/期間核查，軟件審計(jì)追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報(bào)注冊(cè)和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測(cè)分析服務(wù)；

2.獲國(guó)家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測(cè)平臺(tái)，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

什么是De Novo測(cè)序？檢測(cè)技術(shù)服務(wù)詳情介紹