內(nèi)毒素的活性部位為類(lèi)脂A，它可以介導(dǎo)幾乎所有的內(nèi)毒素生物學(xué)反應(yīng)。類(lèi)脂A為一種特殊類(lèi)型的磷脂，它通過(guò)核心的KDO成分而與內(nèi)毒素的多糖部分結(jié)合。應(yīng)用溫和酸控制水解可將類(lèi)脂A從內(nèi)毒素分子中裂解出來(lái)，此稱(chēng)為游離類(lèi)脂A（free lipid A），而存在于完整LPS中的類(lèi)脂A稱(chēng)為結(jié)合類(lèi)脂A（bound lipid A），游離類(lèi)脂A在自然界中是不存在的。

類(lèi)脂A的骨架是由一個(gè)β1’-6-糖苷鍵相聯(lián)的D-氨基葡萄糖雙糖單位所組成，骨架還原端的C1位及非還原端的C4’位均有磷酸基團(tuán)所取代。骨架的羥基及氨基可由羥基脂肪酸或脂肪酰脂肪酸所取代。許多不同種屬的細(xì)菌甚至在分類(lèi)學(xué)上相差甚遠(yuǎn)的細(xì)菌，均具有基本一致的類(lèi)脂A骨架，它們間的主要差別則是在骨架上取代脂肪酸碳原子數(shù)目或/和磷酸基團(tuán)的取代不盡一致。隨著細(xì)菌的進(jìn)化，其所合成的類(lèi)脂A結(jié)構(gòu)愈為復(fù)雜，故而研究類(lèi)脂A結(jié)構(gòu)對(duì)于了解細(xì)菌的進(jìn)化具有重要的意義。許多不同種屬細(xì)菌所產(chǎn)生的類(lèi)脂A具有較好的血清學(xué)反應(yīng)性。類(lèi)脂A為一種半抗原，但如與載體結(jié)合（復(fù)合抗原）則可誘導(dǎo)高滴度抗體的產(chǎn)生。

由于分析與合成化學(xué)家的密切合作，腸道菌（如沙門(mén)氏菌及大腸桿菌）的類(lèi)脂A已進(jìn)行了全分子化學(xué)合成。化學(xué)合成的類(lèi)脂A與天然類(lèi)脂A在許多生物學(xué)系統(tǒng)中均能發(fā)揮一致的生物學(xué)反應(yīng)。隨著其它類(lèi)脂A及其眾多衍生物或同類(lèi)物的化學(xué)合成，目前已有可能從分子/細(xì)胞水平上研究類(lèi)脂A結(jié)構(gòu)與功能的關(guān)系。