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該技術(shù)能夠快速在目標(biāo)基因組的染色體中確定特異DNA結(jié)合蛋白的準(zhǔn)確結(jié)合位點，ChIP芯片也可以在一個基因組的任何感興趣的區(qū)域內(nèi)尋找染色體的結(jié)構(gòu)改變。
一、ChIP-Chip的用途
（1）在基因組范圍內(nèi)確定基因轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合位點和其他DNA結(jié)合蛋白或蛋白復(fù)合體的DNA結(jié)合位點。
（2）染色體活性狀態(tài)的定量分析。
（3）組蛋白修飾的功能研究。通過用?；蚣谆慕M蛋白的特異抗體和沒有進行修飾的組蛋白的特異抗體，可以確定與組蛋白修飾有關(guān)的結(jié)合模式的變化。
（4）聚合酶活性的定量分析。
（5）精煉生物信息方法，用功能數(shù)據(jù)來確定啟動子的位置。
二、具體實驗原理和實驗步驟
染色質(zhì)免疫沉淀芯片流程圖
三、GeneChip-TilingArray技術(shù)簡介
Affymetrix公司于2006年1月24日宣布推出GeneChip（R）人類和鼠源嵌合芯片（TilingA，ray）系列產(chǎn)品。該系列芯片研究范圍大大超出已知編碼蛋白序列，可以對整個人類和小鼠基因組進行系統(tǒng)的研究。研究人員可以利用這一芯片對轉(zhuǎn)錄因子和其他蛋白結(jié)合結(jié)構(gòu)域進行研究。zui近，更有研究人員利用Affymetrix的嵌合芯片在過去認為是垃圾DNA的區(qū)域中間找到了許多以前從未發(fā)現(xiàn)過的轉(zhuǎn)錄活性區(qū)域。嵌合芯片（TilingArray）是迄今為止分辨率zui高的基因芯片類型，其探針設(shè)計幾乎涵蓋了目標(biāo)DNA的全部序列。迄今為止，Affymetrix公司已經(jīng)開發(fā)出了人、小鼠、酵母、線蟲、擬南芥等模式生物的全基因組Tiling芯片，為全基因組規(guī)模上研究目的蛋白與核酸的相互作用提供了強有力的分析工具。GeneChip-TilingArray除了全基因組芯片外，還包括了專門應(yīng)用于ChIP—Chip技術(shù)中的人啟動子和小鼠啟動子兩款芯片，探針設(shè)計覆蓋了轉(zhuǎn)錄起始位點附近10kb的范圍，可針對腫瘤相關(guān)的1 300個基因，覆蓋范圍更是增加到了12.5kb。
1882年，德國細胞學(xué)家弗萊明公開發(fā)表了細胞有絲分裂現(xiàn)象的觀察結(jié)果，他的工作也被看作是科學(xué)*zui重要的發(fā)現(xiàn)之一。除了對有絲分裂進行描繪以及命名之外，弗萊明還對這一過程中看似起關(guān)鍵作用的物質(zhì)——染色質(zhì)作了標(biāo)記。
目前，它是生物學(xué)兩個zui熱門領(lǐng)域——基因組學(xué)和蛋白組學(xué)研究關(guān)注的焦點。但是，不同之處在于：弗萊明采用的是光學(xué)顯微鏡和裝有少量苯胺染色的玻璃瓶對其進行研究，而的基因組階段的染色質(zhì)研究采用的是的技術(shù)——染色質(zhì)免疫沉淀作用測定法（ChIP）。
基因組學(xué)和蛋白組學(xué)都將把染色質(zhì)作為研究對象，但兩個領(lǐng)域采用的方法各異。在基因組學(xué)研究中，研究人員通常從一個蛋白質(zhì)開始研究，采用ChIP去找出與基因組關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。而蛋白組學(xué)研究采用的是反向方法，先用一個特殊的DNA序列作為尋找蛋白質(zhì)的誘餌；然后用ChIP去證實：那些蛋白質(zhì)就是在體內(nèi)與DNA序列相關(guān)聯(lián)的蛋白質(zhì)。
