国产精品视频一区二区三区四,亚洲av美洲av综合av,99国内精品久久久久久久,欧美电影一区二区三区电影

深圳市安培生物科技有限公司
中級會員 | 第5年

19126518388

血清系列
細(xì)胞轉(zhuǎn)染
支原體清除
細(xì)胞凍存
實驗耗材
分子試劑
細(xì)胞增殖與凋亡
Biozellen系列
培養(yǎng)基
ELISA試劑盒
TOYOBO(東洋紡)
ZYMO RESEARCH
Greiner(格瑞納)
IKA(艾卡)
化學(xué)發(fā)光底物(ECL)
PROSPEC系列
Epigentek系列
微生物檢測
細(xì)胞生物學(xué)
Corning康寧
解離試劑
細(xì)胞類-實驗耗材
原代細(xì)胞
植物檢測系列試劑盒
SERANA
BSA
細(xì)胞系
生化試劑盒
環(huán)境檢測系列試劑盒(AKEN)
類器官培養(yǎng)
緩沖器和解決方案
生物三凝膠基質(zhì)
細(xì)胞因子分子
生物樣本庫
蛋白研究系列
修飾檢測試劑盒

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

時間:2021/8/23閱讀:7547
分享:

當(dāng)我們將未知菌株送到公司測序時,并不意味著公司會直接告訴我們未知菌株是什么種什么屬的,他們只會給你未知菌株的測序序列,這時候就需要我們自己在 NCBI 上進(jìn)行同源性比對。

下面結(jié)合實驗經(jīng)歷跟大家交流一下。 首先,我們先來弄清楚幾個概念:

Query:數(shù)據(jù)庫中的序列

alignments: 比對上的兩個序列

hits:兩個序列比對上的片段

Score:比對得分,如果序列匹配上得分,不一樣,減分,分值越高,兩個序列相似性越高

E Value:相對的一個統(tǒng)計值,值越小,越可信

Length:輸入序列的長度

Identities:一致性,就是兩個序列有多少是一樣的

Accession:登錄號

NCBI 網(wǎng)站:blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


操作步驟

1、打開上述網(wǎng)站,出現(xiàn)圖 1 頁面,

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖1


點擊如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對,進(jìn)入圖 2 頁面,

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖2


2、在圖 2 界面的如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

輸入序列, 這里以JF439461//CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGAT CATTACCGAGTGCGGGTCCTTTGGGCCCAACCTCCCATCCGTGTCTATTGTACCCTGTTGCTTCGGCGGGCCC GCCGCTTGTCGGCCGCCGGGGGGGCGCCTCTGCCCCCCGGGCCCGTGCCCGCCGGAGACCCCAACACGA ACACTGTCTGAAAGCGTGCAGTCTGAGTTGATTGAATGCAATCAGTTAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTG GTTCCGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAACTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGA GTCTTTGAACGCACATTGCGCCCCCTGGTATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTGCTGCCCTCAA GCCCGGCTTGTGTGTTGGGTCGCCGTCCCCCTCTCCGGGGGGACGGGCCCGAAAGGCAGCGGCGGCACC GCGTCCGATCCTCGAGCGTATGGGGCTTTGTCACATGCTCTGTAGGATTGGCCGGCGCCTGCCGACGTTTTC CAACCATTCTTTCCAGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGGATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGA GGA為例。

選中頁面下的如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

然后點擊 BLAST。出現(xiàn)圖 3 和圖 4 的頁面(圖 3 和 4 是同一頁面的上下兩部分)。


如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖3


如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖4


3、在圖 3 頁面上如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

表示你可以調(diào)整參數(shù),重新比對或者保存搜索條件以便下次比對,調(diào)整報告顯示的參數(shù),以更符合你的要求、下載你比對的結(jié)果。

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對表示比對的標(biāo)題,優(yōu)先是 你填寫的,如果沒有填寫可能是你輸入 fasta 序列頭(大于號后面的),如果這個也沒有找到, NCBI 會自動生成一個。


如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對


表示你輸入序列的信息,包括標(biāo)識號、描述信息、類型、長度。

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

表示你可以查看其他報告,比如摘要、分類、距離樹等。


4、在圖 4 的頁面上 Ident 越高,表明序列的同源性也就越高。通過同源性較高的描述你可以初步判斷未知菌株的類別。點擊同源性較高的,比如我們點開第一個,出現(xiàn)圖 5 的頁面,將滾動條向下拉至圖 6,得到比對同源性高的序列,將其登錄號以及序列保存在文本文檔中, 通過系統(tǒng)發(fā)育樹我們能具體判別未知菌株屬于哪種菌株。

如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖5


如何在 NCBI 上進(jìn)行菌種的同源性比對

圖6





會員登錄

×

請輸入賬號

請輸入密碼

=

請輸驗證碼

收藏該商鋪

X
該信息已收藏!
標(biāo)簽:
保存成功

(空格分隔,最多3個,單個標(biāo)簽最多10個字符)

常用:

提示

X
您的留言已提交成功!我們將在第一時間回復(fù)您~
撥打電話
在線留言
平定县| 洛扎县| 长汀县| 丰宁| 余庆县| 岳西县| 台东市| 敖汉旗| 德令哈市| 永嘉县| 梁山县| 蒲江县| 小金县| 沙河市| 武安市| 青冈县| 婺源县| 江西省| 枣阳市| 勐海县| 阳春市| 泰安市| 河津市| 南涧| 象州县| 新巴尔虎右旗| 通山县| 安平县| 桃园县| 连州市| 河曲县| 新邵县| 正宁县| 嘉善县| 西充县| 吉隆县| 宝坻区| 滁州市| 永兴县| 自贡市| 白河县|