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干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?

時間:2021/8/23閱讀:28022
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NCBI 上基因前面有個 accession(編號)分別有 NC、NM、NP、GI、XP、XM、BC、AB、NG、 AJ、AC、AY 和 AF 等等,然后后面是一串數字,都是什么意思??特別是看 Blast 結果時,這些編號到處都是的,根本不知道哪個才是想要的好么?。?/p>



莫慌,今天就給大家理理順!


ACCESSION是NCBI序列數據中我們常用到編號(另一個是GI)。ACCESSION形式為CC_#####, 其中 CC 為兩個字母,其不同組合又可以區(qū)分為蛋白序列、核酸序列或基因組序列,而#為位數不等的數字;ACCESSION 后面又會加版本號,以 CC_####.#形式表示,最后的尾數遞增表 示序列信息較之前的版本有所修改。這樣 ACCESSION+版本號就是一個*的表示,代表一個*的序列,而且這個編號不會改變。


以下是幫大家找到的整理表格!具體的各項說明及序列來源說明可以查看 NCBI。

干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?

一般來說,mRNA 和基因組序列是我們主要的尋找對象。如果想找標準序列的話,mRNA 就采用 NM_開頭的,基因組用 NC_或者 AC_開頭的。so easy!

干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?

干貨貼:NCBI 上的這些字母都是什么意思?

不同的編碼代號代表不同的意思,如 NM_開頭的表示標準序列,XM_表示預測的蛋白編碼序列,NR_表示非編碼蛋白的 mRNA 序列,AF 開頭的表示克隆序列,BC 開頭的表示模板序列......


上面的表格中是一些常見序列的 accession 號,不過大家知道 NCBI 中還有很多其他的 accession 號么?!其中,僅與 RNA 相關的就有 116 種!不過,科研人員生存不易,不必在細節(jié)上作死自己,建議大家按需選擇或者需要時查詢即可!


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