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深圳市安培生物科技有限公司
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DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

時間:2021/8/23閱讀:6786
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NCBI 中的 Blast 被譽為序列比對界中的先鋒,并非浪得虛名的,它多才多藝(功能多樣),博學多識(比對面面俱到),還廣交天下名人雅士(可獲得各大數據庫的信息)。 今天,小編讓大家見識一下老大的風采。

首先,登陸 blast 主頁blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 

Blast導航主頁面主體包括三部分 BLAST Assembled Genomes、Basic BLAST和Specialized BLAST。 

BLAST Assembled Genomes:就是讓你選擇你要對比的物種,點擊物種之后即可進入對比頁面。

Basic BLAST 包含 5 個常用的 Blast: 

1.BLASTP 是蛋白序列到蛋白庫中的一種查詢。 

2.BLASTX 是核酸序列到蛋白庫中的一種查詢。 

3.BLASTN 是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。

4.TBLASTN 是蛋白序列到核酸庫中的一種查詢。與 BLASTX 相反,它是將庫中的核酸序列翻譯成蛋白序列,再同所查序列作蛋白與蛋白的比對。 

5.TBLASTX 是核酸序列到核酸庫中的一種查詢。此種查詢將庫中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白(每條核酸序列會產生6 條可能的蛋白序列)。 

Specialized BLAST:是一些特殊目的的 Blast,如 Primer-BLAST、IgBLAST。


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

假設以下為一未知蛋白序列,我們通過 blast 搜索來獲取一些這個序列的信息。 

點擊選擇“BLASTP",粘貼序列到規(guī)定地方。


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

點擊“Algorithm paramerters"設置詳細參數:


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

點擊運行后,結果如下圖,請注意數據庫的名字和說明,如果不合適,請迷途知返哦~


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

Blast 的結果顯示圖:顏色比例尺,可以簡單的理解為紅色的線表示有較好的比對結果。


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

Blast 結果的描述區(qū)域, Max Score:匹配片段越長、 相似性越高則 Score 值越大。 

E value 是得到上述 Score 值的概率的大小。E 值越小表示隨機情況下得到該 Score 值的可能性越低。


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

Blast 比對結果的詳細版:Expect(E 值)、Identities(一致性)、Gaps(缺失或插入)三項是評價blast 結果的標準。E 值接近零或者為零時,具體上就是*匹配了。一致性:匹配上的堿基 數占總序列長的百分數。


DNA序列比對——Blast,序列比對界中的先鋒!

有料,但不難理解 

有用,但不難操作 

這就是 blast 的魅力所在

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