Nature：支原體禍害了多少細胞

每當John Hogenesch看到自己實驗員的臉上布滿陰云，他就知道細胞培養(yǎng)又出了岔子。這時他就會建議，“檢查下支原體污染吧”。

在細胞研究領(lǐng)域，支原體是臭名昭著的污染源，許多實驗室都深受其害。日前賓夕法尼亞大學的研究人員發(fā)現(xiàn)，支原體污染比我們想象的更加普遍，Nature特別刊文對此進行了介紹。

支原體污染能在不知不覺中干擾研究結(jié)果，浪費大量的資金投入。為此，Hogenesch和Anthony Olarerin-George進行了廣泛的樣本分析，他們發(fā)現(xiàn)目前有超過十分之一的基因表達研究（許多曾發(fā)表在*雜志上），表現(xiàn)出支原體污染的跡象。 

Hogenesch實驗室去年就遇到過一次支原體污染，雖然問題很快得到解決，但仍然浪費了大約100,000美元和一年的研究。支原體一般來自于實驗室工作人員，它們很快就能生根，一次小小的疏忽就可能使整個實驗室的細胞受到污染。其他許多微生物污染會使培養(yǎng)基變得渾濁，可支原體污染*是*跡的，而且細胞培養(yǎng)中常用的抗生素都殺不死支原體。

支原體一直是個令人頭疼的問題。早期的HeLa細胞培養(yǎng)深受其害，HeLa細胞系建立于二十世紀五十年代，被廣泛用于各種領(lǐng)域的研究。1993年的研究顯示，美國FDA實驗室的兩萬個培養(yǎng)物中有15%受到了支原體的污染?，F(xiàn)在，供應細胞和試劑的公司都會進行非常嚴格的支原體篩查。 

為了全面了解支原體污染情況，Hogenesch和Olarerin-George獲得了九千多份樣本的RNA測序數(shù)據(jù)，這些樣本來自于2012年-2013年間哺乳動物細胞的基因表達研究。他們在測序數(shù)據(jù)中尋找支原體DNA，結(jié)果發(fā)現(xiàn)11%的樣本都受到了支原體的污染。

Hogenesch指出，支原體DNA水平zui高的一些研究，曾發(fā)表在Cell、Nature和PNAS等*雜志上。雖然支原體污染并不一定意味著這些研究結(jié)果無效，但這種微生物會影響數(shù)百個基因的表達，并與細胞競爭營養(yǎng)阻礙細胞的生長。在其中一組受污染的數(shù)據(jù)中（淋巴瘤細胞），Hogenesch和Olarerin-George鑒定了61個被支原體改變的基因。相關(guān)數(shù)據(jù)目前可以在bioRχiv上看到，Hogenesch等人很快就會將自己的發(fā)現(xiàn)提交給同行評議的雜志。 

污染是“草率操作”的結(jié)果，德國菌種保藏中心的Hans Drexler說，“支原體并非憑空出現(xiàn)，是被人帶到細胞培養(yǎng)物中的。” Drexler對這項研究的結(jié)果并不驚訝，他在2010-2013年間收到的人白血病細胞和淋巴瘤細胞中，受到支原體污染的比例也差不多是十分之一。不過這已經(jīng)算是有進步了，因為二十世紀九十年代的支原體污染率是四分之一。

Drexler認為，支原體污染持續(xù)存在的根源在于，研究界的細胞系“黑市交易”，研究者們常常很隨意的共享細胞培養(yǎng)物。他估計這類細胞系中差不多有10%受到污染，而來自正規(guī)供應商的細胞系則不存在支原體污染。為此，他呼吁研究者們多花點錢從信譽良好的地方獲取細胞系，并且對已有的細胞系進行支原體檢測。

“我們必須一直保持警惕，及時清除受到支原體污染的細胞，將其中的微生物一同摧毀。” Hogenesch說。