如何通過蛋白全長測序驗證復雜異構(gòu)體的存在？5步操作指南檢測技術(shù)服務詳情介紹

在蛋白表達系統(tǒng)中，即使來源于同一基因，所產(chǎn)生的dànbáizhì也可能因剪接變異、翻譯起始差異、翻譯后修飾或降解途徑不同，形成多個結(jié)構(gòu)相似但功能各異的dànbáizhì異構(gòu)體（protein isoforms）。這些異構(gòu)體廣泛存在于天然蛋白中，尤其在抗體藥物、融合蛋白及重組酶等生物制品開發(fā)過程中，其微小的結(jié)構(gòu)差異可能對蛋白功能、穩(wěn)定性和免疫原性產(chǎn)生重要影響。

當前，質(zhì)譜已成為解析蛋白結(jié)構(gòu)和鑒定異構(gòu)體的工具。在此基礎上，dànbáizhì全長測序（de novo full-length protein sequencing）通過高覆蓋度裂解、深度譜圖采集及智能化拼接算法，實現(xiàn)了從一級結(jié)構(gòu)層面對異構(gòu)體的jīngquè定性與區(qū)分。該方法無需參考數(shù)據(jù)庫，可捕捉剪切、延伸、修飾等結(jié)構(gòu)變化，是研究復雜異構(gòu)體組成的有力手段。

dìyī步：評估異構(gòu)體驗證的必要性

在啟動全長測序前，需判斷是否具有開展異構(gòu)體驗證的價值與必要性。

• 是否存在剪接體或翻譯變體的可能性？（如選擇性剪接、起始位點差異）

• 是否在SDS-PAGE、SEC或常規(guī)質(zhì)譜中觀察到多條帶或多個峰？

• 是否有數(shù)據(jù)庫注釋或文獻報道多個結(jié)構(gòu)變體？

• 是否懷疑存在功能差異或免疫原性差異？

若具備上述因素，建議從一級序列出發(fā)進行直接驗證。百泰派克生物科技提供數(shù)據(jù)庫分析、結(jié)構(gòu)預測和差異片段富集建議，輔助判斷項目適配性。

第二步：構(gòu)建多酶裂解與高覆蓋度測序策略

異構(gòu)體的關鍵差異多發(fā)生在：

• N端或C端的延伸或截斷

• 可變區(qū)（如抗體J區(qū)、交聯(lián)位點）

• 翻譯后修飾所致的微結(jié)構(gòu)差異

為全面覆蓋上述區(qū)域，可采用多酶聯(lián)用方案（如Trypsin、Glu-C、Asp-N、Chymotrypsin等），設計overlapping digestion策略，并結(jié)合預富集流程，提高檢測靈敏度與解析分辨率。

第三步：高分辨質(zhì)譜+多碎裂模式識別異構(gòu)特征

異構(gòu)體往往差異微小，需采用高性能質(zhì)譜平臺進行jīngquè分析。推薦配置包括：

• Orbitrap Eclipse或timsTOF Pro 2等高分辨儀器

• 組合碎裂模式（HCD+ETD/EThcD），便于修飾識別與N/C端結(jié)構(gòu)完整性分析

• label-free定量模式，輔助判斷各異構(gòu)體相對豐度

尤其在修飾與剪接結(jié)構(gòu)共存的復雜樣本中，多模式碎裂可顯著提升結(jié)構(gòu)解析能力。

第四步：AI輔助de novo拼接與異構(gòu)體重構(gòu)

利用AI驅(qū)動的de novo測序工具，可從MS/MS譜圖中直接重構(gòu)一級序列，規(guī)避數(shù)據(jù)庫匹配的局限。主流算法包括：

• PEAKS Studio X+

• pNovo、DeepNovo

建議對候選差異區(qū)域進行多版本拼接，識別殘基替換、缺失、延伸或修飾，輸出多個高置信度異構(gòu)體模型，并建立與原型蛋白的結(jié)構(gòu)比較。

第五步：多維驗證與功能關聯(lián)分析

確認異構(gòu)體存在后，需從功能層面驗證其生物學意義。推薦方法包括：

• 合成特異肽段進行功能驗證或結(jié)合抗體檢測

• RT-PCR或轉(zhuǎn)錄組測序驗證是否來源于剪接異構(gòu)體

• Western blot結(jié)合專一性抗體區(qū)分異構(gòu)體表達

• 穩(wěn)定性、活性和免疫原性差異檢測，評估藥物開發(fā)影響

dànbáizhì異構(gòu)體在藥物開發(fā)與功能研究中扮演著復雜而關鍵的角色。蛋白全長測序通過無偏序列解析能力，配合多酶裂解、高分辨檢測與AI拼接建模，為異構(gòu)體的識別提供結(jié)構(gòu)級解決方案。百泰派克生物科技在全長dànbáizhì測序與異構(gòu)體分析方面具備成熟平臺與豐富經(jīng)驗，已協(xié)助多家科研機構(gòu)識別功能相關異構(gòu)體結(jié)構(gòu)，助力蛋白藥研發(fā)與機制研究向更深層次推進。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優(yōu)勢：

1.采用目前世界上先進的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學</h2>

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫(yī)學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務優(yōu)勢：

1.技術(shù)先進，填補技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學優(yōu)質(zhì)服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務；

3.業(yè)務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務!

如何通過蛋白全長測序驗證復雜異構(gòu)體的存在？5步操作指南檢測技術(shù)服務詳情介紹